1、立法方面
世贸组织知识产权协议在第39条规定了商业秘密的保护范围、构成条件、侵权行为等方面的内容，我国现行法律在保护范围、构成条件、侵权行为等方面的内容与世贸组织知识产权协议的规定基本一致，但也存在一些欠缺之处：
(1)未规定向政府主管部门提供的商业秘密的保护问题。世贸组织知识产权协议专门规定了对于向政府或政府的代理机构提交的医用成农用化工产品相关数据的保护，而我国未对此问题予以规定，是立法空白。
(2)保密期限的有关规定与世贸组织知识产权协议不一致。
(3)商业秘密保护法律救济的限制
(4)此外，现行商业秘密法律保护还存在商业秘密的概念模糊、构成条件不明确;保护分散、不够全面系统;原则性规定过多，规范不够细密，操作性不强等问题，有待于在今后的立法中加以完善。
2、执法方面
尤其是在商业秘密的保护方面，由于全社会商业秘密法律意识不强，执法经验不足等原因，使得商业秘密的执法面临较大的困难。因此，要保证我国商业秘密立法得到切实的实施，我们仍需继续努力，特别是建立强有力的执法队伍，提高执法水平，以改善我国的贸易和投资环境，促进社会经济的发展。
著作权保护与商业秘密保护在某些方面存在共同点，具有密切的联系;在有些方面两种保护方式之间的界限也比较模糊。这两种保护方式存在本质上的差异。主要表现在：
1.保护对象不同。
商业秘密的保护对象包括技术信息和经营信息两类。
著作权法只保护作品以及作品的表达形式。我国著作权法所称作品，是指文学、艺术和科学领域内，具有独创性并能以某种有形形式复制的智力创作成果。
2.构成要件不同。
商业秘密有三个构成要件，分别为不为公众所知悉;能给权利人带来经济利益，具有实用性;以及经权利人采取了保护措施。著作权法所称作品，是指文学、艺术和科学领域内，具有独创性并能以某种有形形式复制的智力创作成果。其应当具备如下几方面的条件：首先，作品应当是思想或感情的表现。其次，作品应当具有独创性或原创性。
3.保护的期限不同。
我国基本法律并未明确规定商业秘密的保密期限。一般根据诚实信用原则和劳动者对单位的忠实义务，只要该项商业秘密未被公开，仍属于法律意义上的商业秘密，则知悉该商业秘密的单位和个人就应当继续履行保密义务，直到该项商业秘密公开为止，即当事人保密义务的期限与商业秘密的存续期限相同。但当事人另有约定的，依约定。
4.保护的方式不同。
商业秘密权利人主要通过自行采取保密措施保护商业秘密。而著作权是依据著作权法的直接规定获得的，作品一经完成，只要符合法律规定的作品的条件，即可获得著作权，而不管该作品是否发表。我国《著作权法》第二条规定，中国公民、法人或者其他组织的作品，不论是否发表，都依照本法享有著作权。
企业采取商业秘密保护措施的途径：
(一)劳动法保护，用“保密协议+竞业限制协议”的模式来实现。
(二)其他行政法保护。如对侵犯商业秘密的可以依据《反不正当竞争法》等行政法规，向有关行政机关举报，让行政机关来查处。
(三)民法保护可以提起民事诉讼。可以要求用人单位和员工承担连带责任承担民事责任的形式有：支付违约金、停止侵害、消除影响和赔偿损失等。
(四)刑法保护。根据《刑法》规定的侵犯商业秘密的行为。
第一、秘密性。秘密性指商业秘密所处的状态应当是秘密的，没有被公开过，这也是商业秘密最本质的特征。同时，又是商业秘密区别于专利的最显著特征。确定商业秘密的私密性。最客观的标准是：“不为公众所知悉”。需强调的是这种不为“公众所知悉”是相对的，事实上，一方面商业秘密是必须为一定范围内的特定人所知悉的，除商业秘密权利人外，知悉商业秘密的人通常还包括：权利人内部为使用商业秘密而合法知悉或掌握商业秘密的职员;合法受让商业秘密因而知悉和掌握商业秘密的权利人，根据有关合同或协议的约定有权使用商业秘密的当事人等等。这些知悉所有人的商业秘密，并不影响商业秘密的秘密性。
第二、价值性。商业秘密正是“因其属于秘密而具有商业价值”。所以价值性是商业秘密必须具备的特征。主要能够给权利人带来现实的或潜在的经济价值。换言之，不管是现实的可直接使用的商业秘密，还是正在研究、试制、开发之中而具有潜在的价值信息，都可以构成商业秘密。
第三、措施性。是指权利人应对商业秘密进行管理，要采取合理的保密措施。即权利人仅仅有主观意识还不够，还必须实施客观的保密措施。措施可分为软件和硬件两大类，前者主要指制度措施，如签订保密合同、订立保密协议、建立保密制度、加强保密教育等；后者主要是指直接的措施：如加强门卫保卫措施、限制外人参观生产技术过程、安装监控、派有专人封存和保管有关资料等。
(一)制定保密规章
作为现代企业，内部规章制度应当健全，尤其是对商业秘密的保密要求、商业秘密的管理办法等应尽可能全面、详细。
(二)签订保密协议
单位与正式员工、临时工，甚至试用期人员都要签订保密协议，对于可能接触商业秘密的人员离职时应要求其出具保守商业秘密的承诺书。
(三)秘密内容分散控制
将商业秘密的内容分割为若干部分，分别由不同的人员进行管理，尽量避免让一两个人掌握商业秘密的全部内容。
(四)采取保密技术
权利人应对商业秘密采取合理的技术性保密手段，如含有秘密的文件应加设密码，并注意每日更新。
(五)设置保密措施
设置保密措施，如保险柜、隔离区、监视屏，专用设备所在车间应定为保密车间等。
(六)建立保密标识
在秘密文件、秘密厂区明确表明“保密”或“车间重地，他人不得擅自入内”等字样。
第一、秘密性。秘密性指商业秘密所处的状态应当是秘密的，没有被公开过，这也是商业秘密最本质的特征。同时，又是商业秘密区别于专利的最显著特征。确定商业秘密的私密性。最客观的标准是：“不为公众所知悉”。需强调的是这种不为“公众所知悉”是相对的，事实上，一方面商业秘密是必须为一定范围内的特定人所知悉的，除商业秘密权利人外，知悉商业秘密的人通常还包括：权利人内部为使用商业秘密而合法知悉或掌握商业秘密的职员;合法受让商业秘密因而知悉和掌握商业秘密的权利人，根据有关合同或协议的约定有权使用商业秘密的当事人等等。这些知悉所有人的商业秘密，并不影响商业秘密的秘密性。
第二、价值性。商业秘密正是“因其属于秘密而具有商业价值”。所以价值性是商业秘密必须具备的特征。主要能够给权利人带来现实的或潜在的经济价值。换言之，不管是现实的可直接使用的商业秘密，还是正在研究、试制、开发之中而具有潜在的价值信息，都可以构成商业秘密。
第三、措施性。是指权利人应对商业秘密进行管理，要采取合理的保密措施。即权利人仅仅有主观意识还不够，还必须实施客观的保密措施。措施可分为软件和硬件两大类，前者主要指制度措施，如签订保密合同、订立保密协议、建立保密制度、加强保密教育等;后者主要是指直接的措施：如加强门卫保卫措施、限制外人参观生产技术过程、安装监控、派有专人封存和保管有关资料等。
商业秘密可以分为两大类：即技术信息和经营信息。
①技术信息。主要包括：技术设计、技术样品、质量控制、应用试验、工艺流程、工业配方、化学配方、制作工艺、制作方法、计算机程序等。作为技术信息的商业秘密，也被称作技术秘密、专有技术、非专利技术等，在国际贸易中往往被称为Know-How.
②经营信息。主要包括：发展规划、竞争方案、管理诀窍、客户名单、货源、产销策略、财务状况、投融资计划、标书标底、谈判方案等。
一、独立开发商业秘密权利人以外的人过经独立的技术开发获得与权利人相同或近似的商业秘密的，不属于侵权商业秘密。
二、反向工程也称逆向工程。商业秘密权利人以外的人，对市售或者其他合法渠道取得的产品进行解剖与分析，从而推知该商业秘密产品的具体技术方案，不构成侵权。
三、权利人自己泄密商业秘密权利人对其所拥有的商业秘密未采取严格的保密措施，导致商业秘密泄露，则商业秘密将失去法律的保护，他人获得后加以利用，不构成对商业秘密的侵犯。比如，权利人发表论文、参加学术讨论会等，无意中泄露了商业秘密的内容，则他人加以运用并不构成侵犯商业秘密。
四、获得实施许可他人取得商业秘密权利人的合法受让或者实施许可后，即可依照实施许可的约定，使用商业秘密。
五、善意取得取得人主观上并非有意取得该信息，而是由于商业秘密权利人的疏忽，使取得人无意中了解了该信息，且无保密义务，故取得人对商业秘密的使用不构成侵犯商业秘密。
