普通员工损害公司利益的情形：

1、法定代表人利用职务便利占用公司资产。有的公司法定代表人同时兼任公司股东的法定代表人。在经营过程中，该法定代表人利用同时控制两家公司的职务便利，将公司对外应收款项解入股东账户名下。为此，公司以该法定代表人占用公司款项、损害公司利益为由提起诉讼。

2、公司高级管理人员利用职务便利成立同业竞争公司。部分公司高级管理人员注册成立与其任职公司形成同业竞争的新公司，并利用其掌握公司印章等职务便利，将任职公司作为新公司的股东之一予以登记，以便利用任职公司商誉等开展业务。任职公司遂以高管侵害公司权益并违反竞业禁止规定为由提起诉讼。

3、公司固定资产出资不明致其出售所得归属产生争议。部分公司董事擅自将公司出售固定资产所得作为应收款归还公司股东。公司认为固定资产系股东的出资，出售所得款项应属公司所有，公司董事的行为属于挪用公司财产;该公司董事则认为股东并未以固定资产进行出资，只是借给公司使用，因此出售所得属于股东财产。

4、公司股东之间达成保证固定回报协议被诉侵害公司财产。在公司只有两名股东的情况下，一名股东承诺放弃公司经营权，以此换取另一名全权负责公司经营的股东以公司财产每年向其支付固定的收益回报。之后，该公司股权全部转让，新股东认为上述协议属于保证固定回报型保底条款，依法应属无效，故起诉要求原股东返还公司财产。

5、公司法定代表人履职不当损害公司利益。有的公司法定代表人与其他股东产生矛盾后，拒绝配合公司年检，并阻碍公司决议产生新任法定代表人，导致公司错失年检而被行政机关处罚。公司认为该法定代表人的行为损害了公司利益，起诉要求其赔偿损失。

有限公司出资不足的处理方式是：

1、可以要求出资不足的股东补足出资或者是承担违约责任等。

2、股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。

3、股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户;以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。

在公司清算的制度安排上，有两种方案可供选择：一是股东自觉清算;二是司法介入公司清算。

自行清算的程序包含：

1、清算公司财产、制订清算方案

(1)调查和清理公司财产

(2)制订清算方案。

(3)提交股东会通过或者报主管机关确认。

(4)另外，如果公司清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单时，发现公司财产不足清偿债务的，清算组有责任立即向有管辖权的人民法院申请宣告破产。经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交人民法院。

2、了结公司债权、债务

(1)处理公司未了结的业务。

(2)收取公司债权。

(3)清偿公司债务。

3、分配公司剩余财产

公司清偿了全部公司债务之后，如果公司财产还有剩余的，清算组才能够将公司剩余财产分配给股东。

在我国的实践中，以自行清算为主，强制清算作为补充。因此，在完善公司清算的法律制度时必须从如何鼓励、促使清算义务人自行清算为目的，而不应过于依赖强制清算制度。对强制清算的启动要慎重，在启动前要严格审查，启动程序必须予以规范。同时，有必要完善强制清算程序。