目前，建筑市场企业与建筑工程承包公司之间因工程款产生的纠纷颇多，要正确处理建筑工程结算款纠纷：
1、应以双方签定的合法有效的合同为依据，在此基础上尽可能协商解决；
2、如若协商不成，则也应协议委托有鉴定权的第三方进行鉴定；
3、如若不能协议委托鉴定，或者对鉴定结果不服，应及时向人民法院提起诉讼，原告在负举证责任的基础上，还应申请人民法院委托法定机构或者有效鉴定机构进行鉴定。

1、承、发包双方信息不对称
从逻辑上讲，既然能够取得施工许可证说明建设资金已经落实，订立合同时，发包人对资金来源事宜更是言之凿凿，万无一失。然而，只有发包人对资金落实状况、后期履约能力、昔日诚信历史和目前欠款数量等真实情况心知肚明，在交易中处于优势地位;而承包人使出浑身解数也较难获得实情，在交易起初阶段就处于劣势地位。很多情况下，建设工程仅凭立项手续匆匆上马，承包人全然不知;售房款已用于其他开发，而承包人仍然相信房地产公司的美丽谎言。承包人缺乏必要信息致使其不能正确选择交易对象和了解交易实情，为欠款埋下伏笔。
2、履约纠纷引起拖欠工程款
形成欠款很多是源于双方对工程款数额意见不一，而工程款数额又与质量、工期和签证等情况密切相关。质量缺陷，承包人应当承担修复费用;逾期交工，承包人应当支付逾期交工违约金;质量不合格，发包人可以拒绝付款;签证不力，造成承包人索赔无凭;争议无法解决将委托鉴定，鉴定结论直接决定工程款的得丧变更。故工程欠款并非单纯事件，解决质量、工期等争议是治理清欠之前提。
3、缺乏有力清欠手段
政府工程的资金源于财政拨款，发包人与投资者相分离，即使出现迟延拨款，发包人亦无能为力;开发商有权将工程抵押、房产预售，承包人难以掌控、不能制止;在僧多粥少的建筑市场，想与发包人平等谈判仅是承包人一厢情愿;
4、国家干预不力
各界人士呼吁政府强制实行工程款支付担保制度和建立工程款划拨备案机制，但总是一厢情愿、风大雨小;行政机关应当公布失信开发商名单，不予办理立项开工等手续，现实却是违规者榜上无名、依然畅通无阻。