(一)股权转让协议和增资协议的合同当事人虽然都含有公司的原股东及出资人，但从协议价金受领的情况看，股权转让协议和增资协议中出资人资金的受让方是截然不同的。股权转让协议中的资金由被转让股权公司的股东受领，资金的性质属于股权转让的对价;
而增资协议中的资金受让方为标的公司，而非该公司的股东，资金的性质属于标的公司的资本金;
(二)股权转让协议和增资协议支付价金一方的当事人对于标的公司的权利义务不同。股权转让协议中，支付价金的一方在支付价金取得了公司股东地位的同时，不但继承了原股东在公司中的权利，也应当承担原股东对公司从成立之时到终止之日的所有义务，其承担义务是无条件的;
而增资协议中支付价金一方的投资人是否与标的公司的原始股东一样，对于其投资之前标的公司的义务是否承担，可以由协议各方进行约定，支付价金的一方对其加入该公司前的义务的承担是可以选择的;
(三)从出资后，标的公司的注册资本的变化看，股权转让协议签订后，出资人履行义务完成时标的公司的注册资本是保持不变的，仍然为原数额。
(一)股权转让协议和增资协议的合同当事人虽然都含有公司的原股东及出资人，但从协议价金受领的情况看，股权转让协议和增资协议中出资人资金的受让方是截然不同的。股权转让协议中的资金由被转让股权公司的股东受领，资金的性质属于股权转让的对价;
而增资协议中的资金受让方为标的公司，而非该公司的股东，资金的性质属于标的公司的资本金;
(二)股权转让协议和增资协议支付价金一方的当事人对于标的公司的权利义务不同。股权转让协议中，支付价金的一方在支付价金取得了公司股东地位的同时，不但继承了原股东在公司中的权利，也应当承担原股东对公司从成立之时到终止之日的所有义务，其承担义务是无条件的;
而增资协议中支付价金一方的投资人是否与标的公司的原始股东一样，对于其投资之前标的公司的义务是否承担，可以由协议各方进行约定，支付价金的一方对其加入该公司前的义务的承担是可以选择的;
(三)从出资后，标的公司的注册资本的变化看，股权转让协议签订后，出资人履行义务完成时标的公司的注册资本是保持不变的，仍然为原数额。
1、营业税及附加，对以国有土地使用权投资入股，参与接受投资方利润分配，共担风险的，不征营业税，但与投资方不共同承担风险，收取固定利润的要按规定缴纳营业税，税率为5%不须缴纳；
2、土地增值税，对以国有土地使用权投资，对方不是房地产开发企业的，不征土地增值税；
3、印花税，投资合同本身不是印花税的征税对象，税率为万分之五；
4、契税，对以国有土地使用权投资入股的行为，要按规定缴纳契税。契税税率为3-5%。
5、所得税，企业所得税上的处理是按公允价销售该土地使用权确认应纳税所得额来处理，相应的账面价为其成本，年未时进行汇算清缴。
一、公司股权转让印花税怎么交
1、根据财税[2005]11号文件规定，买卖、继承、赠与所书立的A股、B股股权转让书据，由立据双方当事人分别按1‰的税率，按照“股权转让书据”交纳印花税。2007年5月30日，该税率已经由1‰调整为3‰.
2、根据国税发[1991]155号文件规定，企业股权转让所立的书据，即除书立的A股、B股股权转让书据以外的股权转让合同，按照“产权转移书据”，按所载金额的万分之五缴纳印花税。织梦内容管理系统外商投资者境内企业股权境外交易也应缴纳印花税。股权转让合同应按照产权转移书据税目缴纳印花税，计税依据为合同所载金额，税率为万分之五，纳税人为书立合同的各方当事人分别纳税。
根据财税【1988】255号、国税发【1991】155号文件规定，在中华人民共和国境内书立、领受本条例所列举凭证的单位和个人（包括……外国公司企业和其他经济组织及其在华机构等单位和个人），都是印花税的纳税义务人。上述凭证无论在中国境内或者境外书立，均应依照条例规定贴花。印花税暂行条例列举征税的合同在国外签订时，不便按规定贴花时，应在带入境内时办理贴花完税手续。
并且外商投资者境外交易股权只是在境外付款，必须在境内办理审批和变更登记手续。所以该股权转让协议应该在带入境内时按规定的税率贴花。
《印花税暂行条例》的印花税税目表中规定，产权转移书据包括财产所有权和版权、商标专用、专利权、专有技术使用权等转移书据，按所载金额万分之五来贴花。《印花税暂行条例施行细则》第五条规定，产权转移书据是指单位和个人产权的买卖、继承、赠与、交换、分割等所立的书据。
二、公司股权转让涉及哪些税费
公司将股权转让给公司股权转让涉及到的税费有：1、企业所得税。企业所得税是对我国内资企业和经营单位的生产经营所得和其他所得征收的一种税。2、增值税。企业的股权转让，常常按金融商品转让征收增值税，据财税（2024）36号文规定：一般纳税人税率6%；小规模纳税人征收率3%。3、契税。根据规定，在股权转让中，单位、个人承受企业股权，企业的土地、房屋权属不发生转移，不征契税；在增资扩股中，对以土地、房屋权属作价入股或作为出资投入企业的，征收契税。4、印花税。印花税是对经济活动和经济交往中订立、领受具有法律效力的凭证的行为所征收的一种税。
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
法人股东转让股权要交企业所得税、印花税。法人股东选择对自己名下的股权进行转让的，需要准备好相关材料按照规定办理股权转让手续，法人股东股权转让的印花税按照万分之五缴纳，对于企业所得税按照25%的税率进行缴纳。
一、法人股东股权转让税收有哪些
个人股东股权转让需交纳个人所得税（20%）和印花税（0.5‰）。法人股东股权转让需交纳企业所得税（25%）和印花税（0.5‰）正确计算股权转让个人所得税。股权转让所得，按照一次转让股权的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，计算纳税，税率为20%。股权转让收入不仅是现金，也包括实物、有价证券和其他形式的经济利益，非货币形式的转让收入往往被纳税人忽视，误以为不用缴税。
二、公司法人股权转让的流程是什么
1.领取《公司变更登记申请表》(工商局办证大厅窗口领取)。
2.变更营业执照(填写公司变更表格，加盖公章，整理公司章程修正案、股东会决议、股权转让协议、公司营业执照正副本原件到工商局办证大厅办理)。
3.变更组织机构代码证(填写企业代码证变更表格，加盖公章，整理公司变更通知书、营业执照副本复印件、企业法人身份证复印件、老的代码证原件到质量技术监督局办理)。
4.变更税务登记证(拿着税务变更通知单到税务局办理)
5.变更银行信息(拿着银行变更通知单基本户开户银行办理)
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。
