保护改制企业小股东合法权益的方法如下：
1、在相关法律的强制性规定下，可以在章程中制定更严格的规定，以限制大股东的行为；
2、公司法章程规定的股东权利义务等相对简单或不完善的地方可以细化，具有可操作性；
3、建立公司财务、政务公开制度；
4、赋予普通股东更多的知情权和调查权。
依据我国公司法的规定，股权转让只能由持有股权的股东进行，所以代持股权的，可以将股权转让给实际出资人，然后再由实际出资人转让股权。
股权转让后增资扩股是可以的。增资扩股和股权转让这两者最大的区别在于原股东让渡股东权益是否发生改变。除此之外，这两者是两个完全不相关联的行为，所有股权转让后是可以增资扩股的。
股权质押手续办理方法如下：
1、到工商行政管理部门申请股权质押登记，领取并填写申请人签字或者盖章的《股权出质设立登记申请书》；
2、提交股权出质设立登记申请书、质押合同、指定代表或委托代理人的身份证件复印件等相关材料；
3、符合登记条件的，当场办理登记手续并发给登记通知书。
股权变现的方式
1、股权的变现，即投资者出售其持有的权益资本以收回投资，同时实现投资收益的一个过程。它通常有以下七种退出方式，即股权转让，新三板退出，IPO,清算，借壳上市，回购以及并购退出。
2、其中股票回购是指上市公司购回国家股东持有的本公司股票，然后注销。国有股回购是指公司将发行在外的国有股以一定的价格购买回来或作为库藏股或进行注销的一种股本缩减方式。其主要支付方式可分为现金回购或剥离资产回购。国有股配售是将上市公司的部分国有股股权定期出售给特定投资人，使国有股逐步实现上市流通。缩股流通是指上市公司将现有的国有股按当初的发行价进行并股，转由战略投资基金持有，然后上市流通。一般来说，企业破产、清产时才采用拍卖形式，其实拍卖也可以作为社保基金变现国有股的途径之一。
根据公司法规定，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。这里的股东也就是所谓的个人，对于个人而言，向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权;不购买的，视为同意转让。
经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例;协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
股权转让的手续：签订股权转让协议及其他文件，修改公司章程，修改股东名册，更换出资证明书，到工商局办理变更登记。
转让人与受让人先行签订股权转让协议，而后由转让人在公司中履行程序及实体条件，但这种方式存在不能实现股权转让的目的，以受让人来说风险是很大的，一般来说，受让人要先支付部分转让款，如股权转让不能实现，受让人就要承担追回该笔款项存在的风险，包括诉讼、执行。
一、签订股权转让协议书
股权转让协议的主要内容：
1、协议双方的名称(姓名);
2、转让股权的份额及其价格;
3、转让的股权的交割日期;
4、股权转让款的交付日期和交付方式;
5、订立协议的时间、地点、生效方式;
6、协议双方认为需要明确的其他内容(包括违约责任、争议解决途径等)。
(转让双方签署，自然人签字，自然人以外的盖章)
二、到工商局办理变更登记
(一)需要准备资料
1、公司法定代表人签署的《公司变更登记申请书》;
2、股东共同委托书、被委托人的身份证明复印件(须核对原件);
3、公司章程修正案;
4、营业执照正、副本;
5、其它相关资料：
6、原股东会决议，内容：同意股权转让(包括标的、方式、价格等)，股东权利义务的变更;
7、新、旧股东签字的股权转让协议(包括转让标的、转让方式、价格、双方的权利义务等);
8、新股东法人资格证明或自然人身份证复印件(企业法人股东其营业执照复印件由原登记机关加盖印章);
9、登记机关认为应该提交的股权交割证明(如转账凭证等);
10、新董事、监事、经理的身份证复印件;
11、新或旧股东属全民企业的提交国资部门批准文件，属集体企业的提交主管部门的批准文件;
12、有限公司收购股权的提交股东会同意收购的决议(收购金额不得超过公司净资产的50%);
13、新股东会决议，内容：确认股东的投资比例、金额，公司章程的修改，董事、监事等人员任免(如董事变动，需提交董事会决议重新选举董事长，进行人事分工)。
(二)办理流程
1、申请人持相关材料向市政务服务中心工商局窗口提出申请，经受理审查员初审通过，开具《受理通知书》或者《申请材料接收单》;不符合受理条件的，在当场或者5个工作日内一次性告知申请人应当补正的全部材料(出具告知单)。
2、对申请人申请材料齐全、符合法定形式的，当场作出是否准予登记的决定并出具《登记决定通知书》;需要对申请材料的实质内容进行核实的，出具《企业登记材料需要核实事项告知书》，在10个工作日内作出核准或者驳回申请的决定。
3、在5个工作日后(申请材料的实质内容需核实的除外)，申请人可以凭《登记决定通知书》到发照窗口换发《准予变更登记通知书》。
股权转让净资产评估的方法
1、成本法，就是根据账面价值评估，评估结果与账面的数据不会有太大变化；
2、收益法，就是预测该公司未来几年的现金流，然后根据一定的折现率折现；该种方法要求被评估单位要连续3年盈利；
3、市场法，就是在同行业中寻找相似的企业进行比较评估。
