1、如果转让人是自然人，应按照财产转让所得纳税。及按照转让价格减去股票购买原值减去购买时发生的合理费用的金额乘以20%缴纳个人所得税。2、如果转让人是法人，按照企业会计准则确认投资收益，股本溢价部分按照企业适用的所得税率缴税。3、在中国股市中，股权转让交易是股权出让人与受让人之间的事，交易款由B付给A(包括所谓溢价的部分)。对公司来讲，只是股东变更，不存在股权溢价的说法。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
股权变更的理由有：
1、股权被出售；
2、企业兼并或分立；
3、公司回购股权；
4、以股权抵偿债务；
5、股权继承。
股权转让的注意事项：
1、对目标公司进行尽职调查；
2、出让方与受让方签订《股权转让意向书》；
3、出让方通知目标公司其他股东；
4、目标公司其他股东表态；
5、出让方与受让方签订正式的《股权转让合同》；
6、办理公司股东名册变更和工商登记变更。
股权转让未办理变更登记可能会引发争议。
《公司法》第七十一条有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。
股权转让行为必然产生公司股东的变更。不少公司知道股东变更要到工商行政管理机关办理变更登记，但疏忽了到税务机关办理变更登记。
根据《税务登记管理办法》第十九条规定，纳税人已在工商行政管理机关办理变更登记的，应当自工商行政管理机关变更登记之日起30日内，向原税务登记机关如实提供下列证件、资料，申报办理变更税务登记：
(一)工商登记变更表及工商营业执照;
(二)纳税人变更登记内容的有关证明文件;
(三)税务机关发放的原税务登记证件(登记证正、副本和登记表等);
(四)其他有关资料。
人转让公司股权必须缴纳以下两种税：
1、印花税。税率按产权转移书据税目的万分之五，计税依据为双方书立的合同金额。
2、个人所得税。税率是固定的20%，重要的是要准确计算应纳税所得额。个人转让股权的应纳税所得额为：股权转让价-股权取得初始成本-与转让股权相关的合理费用(如前文缴纳的印花税，以及可能发生的公证费。)
有些纳税人企图通过双方协商，签订低价合同以达到避税目的，这不是合理避税，这是偷逃税，是违法行为;况且也不可能得逞，低价转让股权必须符合法定情形。否则，税务机关将按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定股权转让收入。税法还规定对偷逃税款处50%至五倍罚款。
(2)企业申请登记委托书原件(可在申请书内填写);
(3)经办人身份证明(复印件，核对原件);由企业登记代理机构代理的，同时提交企业登记代理机构营业执照(复印件，须加盖本企业印章，并注明“与原件一致”);
(4)根据公司章程的规定和程序提交的决议或决定(原件);
(5)向原股东以外的人转让的，提交新股东的主体资格证明;
(6)公司章程修正案或新的公司章程(法定代表人签署);
(7)股权转让协议;
(8)股东的资格证明复印件(核对原件);
(9)企业法人营业执照正本、副本原件;
(10)法律、行政法规及国务院决定规定变更股权必须报经审批的，提交有关部门的批准文件。
企业注册资本出资方式有：货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等。
《公司法》第二十七条，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等；可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。法律、行政法规对评估作价有规定的，从其规定。
股权变更所需资料：
1.法定代表人签署的《企业变更(备案)登记申请书》(原件1份)；
2.经办人身份证明(复印件1份，验原件)；
3.公司关于变更事项的决议或决定(公司决定由法定代表人签署，盖公章)(原件1份))；
4.修改后的公司章程(由股东签署，加盖公章)或者公司章程修正案(由公司法定代表人签署，加盖公章)(原件1份)；
5.经公证、见证机构公证或见证的股权转让协议，划转股权的提交有权审批部门的划转文件(原件1份)(注：可由我局通过监察局共享系统查验相关信息的，可无需提交；否则需提交纸质文件)；
6.向原股东以外的人转让的，提交新股东的主体资格证明(复印件1份，自然人身份证明验原件，单位资格证明加盖公章，注明“与原件一致”。股东为市商事主体的可以免提交主体资格证明)；
7.因股权转让而变更为一人(自然人)独资有限公司的，应提交一人有限公司承诺书。
