财产转让所得按照一次转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，作为应纳税所得额。

就股权转让所得而言，其应纳税所得额=股权转让价-股权计税成本-与股权转让相关的印花税等税费。

自然人股东股权转让价是自然人股东就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额，以其实际成交价为股权转让价。股权转让对价为实物的，应当按照取得凭证上所注明的价格计算,但凭证上所注明的价格明显偏低或者无凭证的，由主管地方税务机关参照当地的市场价格核定。

自然人股东股权转让完成后，转让方个人因受让方未按规定期限支付价款而取得的违约金收入，属于因股权转让而产生的收入。

股权计税成本是指自然人股东投资入股时向企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让价金额。

近期，国家税务总局下发了《关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》[国税函〔2009〕285号]，该文件加强了个人转让股权的税收征管，主要有以下二点：

(一)个人股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税(扣缴)申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。

(二)税务机关应加强对股权转让所得计税依据的评估和审核。对扣缴义务人或纳税人申报的股权转让所得相关资料应认真审核，判断股权转让行为是否符合独立交易原则，是否符合合理性经济行为及实际情况。对申报的计税依据明显偏低(如平价和低价转让等)且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。

（1）纳税人及扣缴义务人

在股权转让交易中，转让方为纳税义务人，而受让股权的一方是扣缴义务人，履行代扣代缴税款的义务。

（2）纳税（扣缴）申报的时间

法律对办理纳税（扣缴）申报的时间进行了明确规定。具体区分两种情况：

A、先履行纳税义务再办理股权变更登记手续

股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。

B、股权变更登记与纳税申报同时进行

股权交易各方已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写《个人股东变动情况报告表》（表格式样和联次由各省地税机关自行设计）并向主管税务机关申报。

（3）纳税地点

个人股东股权转让所得个人所得税以发生股权变更企业所在地税务机关为主管税务机关。纳税人或扣缴义务人应到主管税务机关办理纳税申报和税款入库手续。

在我国自然人转让股权的所得应当属于财产转让所得项目，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按20%税率缴纳个人所得税，按次征收。个人所得税是调整征税机关与自然人之间在个人所得税的征纳与管理过程中所发生的社会关系的法律规范的总称。