1、股权转让协议和增资协议的合同当事人虽然都含有公司的原股东及出资人，但从协议价金受领的情况看，股权转让协议和增资协议中出资人资金的受让方是截然不同的。股权转让协议中的资金由被转让股权公司的股东受领，资金的性质属于股权转让的对价，原股东的权利和义务由股权受让方承继。而增资协议中的资金受让方为标的公司，而非该公司的股东，资金的性质属于标的公司的资本金，原股东的权利义务不一定改变。
2、股权转让协议和增资协议支付价金一方的当事人对于标的公司的权利义务不同。股权转让协议中，支付价金的一方在支付价金取得了公司股东地位的同时，不但继承了原股东在公司中的权利，也应当承担原股东对公司从成立之时到终止之日的所有义务，其承担义务是无条件的。而增资协议中支付价金一方的投资人是否与标的公司的原始股东一样，对于其投资之前标的公司的义务是否承担，可以由协议各方进行约定，支付价金的一方对其加入该公司前的义务的承担是可以选择的。
3、从出资后，标的公司的注册资本的变化看，股权转让协议签订后，只涉及股权转让方与股权受让方，出资人履行义务完成时标的公司的注册资本是保持不变的，仍然为原数额。而增资协议签订后，标的公司的注册资本会增加。
另外股权转让和增资扩股的计税也有所不同，增资扩股：原股东股权计税成本不变，虽然原股东的股权有可能被稀释，但不调整原股权的计税基础，对股东的投资款不征收企业所得税。股权转让：原股东股权计税成本调整，原股东出让股权给受让方，取得股权转让收入扣除股权的计税成本及相关税费确认“财产转让所得”征收所得税，同时根据股权转让的比例调整原股东股权的计税基础。
股权转让企业所得税如何处理
（一）企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
（二）股权转让收入减除股权净值后的余额为股权转让所得应纳税所得额。股权转让收入是指股权转让人转让股权所收取的对价，包括货币形式和非货币形式的各种收入。多次投资或收购的同项股权被部分转让的，从该项股权全部成本中按照转让比例计算确定被转让股权对应的成本。
股权转让个人所得税申报流程
（一）被投资企业应当在董事会或股东会结束后5个工作日内，向主管税务机关报送与股权变动事项相关的董事会或股东会决议、会议纪要的原件及复印件。同时填报《被投资企业股权变动情况报告表》。
（二）被投资企业发生个人股东变动或者个人股东所持股权变动的，应当在次月15日内向主管税务机关报送含有股东变动信息的《个人所得税基础信息表（A表）》及股东变更情况说明。
（三）扣缴义务人应于股权转让相关协议签订后5个工作日内（办理股权转让扣缴申报之前），将股权转让的有关情况报告主管税务机关。填报《个人股东变动情况报告表》。
股权转让签订转让协议，在协议中明确对方不履行义务的违约责任，股权转让协议签订之后，合同双方应该按照协议履行自身义务，如果在过户之后对方违约的，可以按照协议承担违约责任，起诉维护自身权益。
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
股权转让受让方要是不履行义务的话，也会因此受到相应的法律责任，建议大家在处理的时候可以好好了解清楚，比较自己吃亏。
如果纳税人存在下列情形之一的，税务机关有权对其应缴纳税额进行核定。
（一）根据法律规定，纳税人可以不设置账簿的情况，税务机关有权核定其应纳税额。
（二）根据法律规定应该设置帐簿但是纳税人没有设置的，税务机关有权对其应纳税额进行核定。
（三）纳税人擅自将账簿销毁了的、纳税人拒不提供相应的纳税资料的，税务机关有权对其应纳税额进行核定。
（四）纳税人设置了账簿但对账簿内容记录不认真，敷衍了事，账目混乱不堪，或者是对有关成本的资料、收入凭证等残缺不全的，造成查账困难的，税务机关有权核定其应纳税额。
（五）纳税人产生了纳税的义务但是没有在规定期限内申报办理纳税，税务机关对其责令限期申报却有逾期不申报的，税务机关有权核定其应纳税额。
（六）纳税人没有正当理由说明其申报的计税依据明显偏低的，税务机关有权核定其应纳税额。
关于税务机关具体如何核定应纳税额，就需要国务院税务主管部门来规定。
可以。
网上申请变更股东登录工商网，依次根据提示上传相关文件，在网上就可以解决。申请人持相关材料向市政务服务中心工商局窗口提出申请，经受理审查员初审通过，开具《受理通知书》或者《申请材料接收单》。公司申请变更登记，应当向公司登记机关提交下列文件：（一）公司法定代表人签署的变更登记申请书;（二）依照《公司法》作出的变更决议或者决定;（三）国家工商行政管理总局规定要求提交的其他文件。公司变更登记事项涉及修改公司章程的，应当提交由公司法定代表人签署的修改后的公司章程或者公司章程修正案。变更登记事项依照法律、行政法规或者国务院决定规定在登记前须经批准的，还应当向公司登记机关提交有关批准文件。
一份简单的股权转让协议应当包括下列内容：目标公司概况；转让方和受让方信息；转让股权份额和价格；价款支付方式；公司交接；转让方的陈述和保证；双方权利和义务；违约责任；争端解决等。
股权转让协议属于非常专业的协议，不同的公司的股权转让涉及到的风险会相差极大，需要对相关风险作出特别规避。
股权转让主要法律风险在受让方，因此受让方一般会主导协议的起草。
