在诉讼过程中股权确定纠纷可以根据诉讼的意图来进行分类，还可以根据法律的关系以及原告的类型来进行分类。按照意图的分类又可以分为恶意之诉以及善意之诉。具体按照实际情况来进行股权的分类确定。
(一)根据诉讼意图进行的分类
1善意之诉。这种情况是指原告按照取得股权的意思表示主张股权，而被告则列出种种理由反对。例如公司为榨取原告的资金，表面上作出吸收原告为股东的意思表示，而实际上故意不为原告完善股东手续，不承认原告的股东身份。再如公司债权人起诉出资不足的股东，而股东以种种理由否认自己的股东身份。
2恶意之诉。是指原告通过诉讼要求法院确认自己或其他人的股东身份，以获取非法利益或者逃避债务。如：挂名股东在发现公司利润丰厚时，而主张股东身份。
(二)根据法律关系进行分类
1内部关系的股权确认之诉，内部关系包括：挂名股东与实际股东之间;隐名股东与其他股东之间;在内部关系中确认股权，应当坚持民法上的真实意思主义，探究当事人之间的真实意思，并依据该意思对股权进行判断。
2外部关系的股权确认之诉。外部关系包括：第一，因公司的债务引起的公司债权人与股东之间的关系。第二，因增资扩股引起的新股东与公司之间的关系。相对于公司与旧股东或者与发起人之间的内部关系，新股东是第三人。在外部法律关系中确认股权，应当坚持商法的表示主义，根据工商登记等对外材料确认股权。
(三)根据原告的类型进行分类
1股东提出的确认之诉股东提出确权之诉时，适格的被告应当是公司。理由：第一，股权使股东和公司之间法律关系的一个内容，股权指向的义务主体使公司。原告之所以提出诉讼要求确权，就是因为在主张股权使得不到公司的认可。第二，公司不认可原告股权的意思比较复杂。由于公司使法律拟制的人，公司的所有意思都是通过特定主体来完成的，这些特定主体可以使公司的法定代表人，可以使股东会决议，可以使控股股东，可以使董事经理等公司高管。
2公司提出的确认之诉。公司对股东提出确权之诉通常都是在其他诉讼中附带的提出，作为其他诉讼的前提。对于公司单独对股东提出的股权确认之诉，必须保持警惕，防止当事人恶意利用诉讼达到其他非法目的。因为公司不承认被告的股东资格，公司只需要作出不承认的意思就足以达到目的，根本不需要提出诉讼。如果是承认被告的股东身份，更无需通过诉讼再确认一遍。
3公司债权人对股东提出的确权之诉。当公司对债权人不能清偿债务时，如果公司的股东没有出资或者出资不足时，则债权人有权对股东提起诉讼，要求股东在出资范围内公司承担清偿连带责任。
股东出资纠纷诉讼有哪些主体，主要依据公司出资纠纷的类型而定，如果是公司清算时产生纠纷的，主体包括债权人、出资瑕疵的股东。
股东出资是指公司股东在公司设立或增加资本时，按照法律、公司章程的规定以及协议的约定，向公司交付财产或履行其他给付义务以取得股权的行为。出资是股东对公司的基本义务，也是形成公司财产的基础。
如果股东未按规定缴纳出资，或者虚假出资、抽逃出资、出资不足等，即可能引发公司与股东、股东与股东、股东与债权人之间的出资纠纷和诉讼，股东可能被起诉而依法承担继续履行、损害赔偿等违约责任。
应当去工商局进行办理。
股东或发起人名称或姓名变更登记提交材料规范：
（一）公司法定代表人签署的《公司登记（备案）申请书》。
（二）《指定代表或者共同委托代理人授权委托书》及指定代表或委托代理人的身份证件复印件。
（三）关于修改公司章程的决议、决定。
股东回购请求权是指：当股东大会作出对股东利益有重大影响的决议时，对该决议表明异议的股东，享有请求公司以公平的价格收买其所享有有的股权，从而退出公司的权利。我国《公司法》在第三章有限责任公司的股权转让中对股东的此项权利作出了规定。
《公司法》第75条规定了持异议股东享有股份收买请求权的三种情形：
①公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续赢利，并且符合本法规定的分配利润条件的;
②公司合并、分立、转让主要财产的;
③公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。
网上申请变更股东登录工商网，依次根据提示上传相关文件，在网上就可以解决。申请人持相关材料向市政务服务中心工商局窗口提出申请，经受理审查员初审通过，开具《受理通知书》或者《申请材料接收单》。公司申请变更登记，应当向公司登记机关提交下列文件：（一）公司法定代表人签署的变更登记申请书;（二）依照《公司法》作出的变更决议或者决定;（三）国家工商行政管理总局规定要求提交的其他文件。公司变更登记事项涉及修改公司章程的，应当提交由公司法定代表人签署的修改后的公司章程或者公司章程修正案。变更登记事项依照法律、行政法规或者国务院决定规定在登记前须经批准的，还应当向公司登记机关提交有关批准文件。
股东优先购买权，是指股东享有的同等条件下优先购买其他股东拟转让股权的权利。股东之间基于相互信任而共同投资，优先购买权是有限责任公司股东特有的一种法定权利，体现了对有限责任公司“人合性”的维护，并有效保证了有限责任公司的老股东通过行使优先购买权实现对公司的控制权。
股东与股东之间因出资产生的股权确认纠纷通常是指隐名出资的情况，即一般股东以他人名义出资，由他人作为挂名股东，但实际出资资金来源于该隐名股东。隐名股东与挂名股东之间签订隐名出资协议，约定挂名股东不享有实际权利，一切权利归隐名股东所有。当双方就隐名出资协议的效力发生争议时，就会出现股东确认纠纷。
2、股东与股东之间因股权转让产生的股权确认纠纷。
股权转让双方因为过失或者其他原因，在股权转上过程中没有履行法定的变更登记手续，或者没有交付股票或出资证明书。依据《公司法》的规定，公司股东名字须记载于股东名册。有限责任公司股东名字还须记载于公司章程，并属于工商登记事项。股份有限公司发起人名字为工商登记事项和公司章程应记载事项。在确认股东身份时，以上述文书或登记簿为准。因此，当股东转让股权时，必须按照上述规定作相应的变更登记。如果未变更登记，日后就可能发生股权确认纠纷。再者，无记名股票具有证权证券的性质，股东可以凭借其所持有的无记名股票向公司主张股权，如果无记名股东转让股权时未交付无记名股票，则受让人无法证明其股权之存在，从而可能发生股权确认纠纷。
3、股东与公司之间的股权确认纠纷。
有时股东与他人之间不存在股权归属争议，但公司不承认股东享有股权。《公司法》规定公司应当备置股东名册，股东可以凭借股东名册上的记载，证明其股东身份，从而向公司主张权利，股东也可以凭借股东名册的记载，向他人主张其股东身份，拒绝他人的不合理请求，如果在出资或者股权转让中没有对股东名册进行相应记载，公司可以拒绝实际出资人或者股权受让人主张股权，这样也会产生纠纷引发诉讼。
根据法律关系可分为内部关系的股权确认之诉、外部关系的股权确认之诉。内部关系包括：隐名股东与其他股东之间挂名股东与实际股东之间。在内部关系中确认股权，应当坚持民法上的真实意思主义，探究当事人之间的真实意思，并依据该意思对股权进行判断。外部关系包括：因增资扩股引起的新股东与公司之间的关系;因公司的债务引起的公司债权人与股东之间的关系。
