股权转让协议的法律风险及管控主要包括：
1、查询目标公司重大债务的偿还情况；
2、了解是否存在纯义务性条款和其他限制性条款；
3、目标公司是否有正在进行的诉讼、仲裁及行政处罚；
4、调查是否存在影响目标公司合法存续的重大法律障碍等；
5、其他法律风险及管控。

股份转让与股权转让的区别如下：
一、双方转让标的的称谓不同，因此主体双方的权利义务关系有区别。
（一）、有限责任公司转让股权实行严格的限制转让制度。对内主让与对外转让做了明显的区别：内部转让股权比较自由；对外转让股权实行严格限制，必须经全其他股东的过半数同意，经股东同意转让该股权，在同等情况下股东享有优先购买权，实行转让登记制度。
（二）、股份有限公司转让股权现对简单，实行自由转让。无论转让给内部股东还是外部投资者，都采取自由转让。但是《公司法》也对股份转让作了一定的限制：
1、发起人持有的本公司股份，自公司成立之日起一年内不得转让。公司公开发行股份前已发行的股份，自公司股票在证券交易所上市交易之日起一年内不得转让。
2、公司董事、监事、高级管理人员应当向公司申报所持有的本公司的股份及其变动情况，在任职期间每年转让的股份不得超过其所持有本公司股份总数的百分之二十五；所持本公司股份自公司股票上市交易之日起一年内不得转让。上述人员离职后半年内，不得转让其所持有的本公司股份。
3、公司不得收购本公司股份。但有《公司法》规定的除外。
4、交易场所，股东转让其股份应当在依法设立的证券交易场所进行或者按照国务院规定的其他方式进行。
二、两者实质不同，因此两者转让的行为不同。
（一）、有限责任公司的股权转让是不完全独立的自由转让，原因是除了具有资合性，还具有较强的人合性。也是由于较强的人和性，有限责任公司的转让具有一定的封闭性，即对内开放，对外限制。
（二）、股份有限公司的股份转让，股份有限公司的股份转让是独立的转让，其本质是股份有限公司是完全的资合性公司。

法人股东转让股权的税务处理如下：
一、法人转让股权存在的涉税风险
（一）、被投资企业有多年累积的未分配利润和盈余公积时，法人转让股权的转让价格中含有被投资企业多年累积的未分配利润和盈余公积与转让方股东所占股权比例的乘积部分，而使股权转让价格是溢价转让从而使转让方股东多缴纳企业所得税。
（二）、核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，发生股权(股票)转让时，按照转让收入扣除股权(股票)投资成本作为应税收入额，使企业少缴纳料企业所得税。
二、法人转让股权合同中的涉税风险控制
（一）、如果股东是企业或法人，在发生转让股权时，为了实现少缴纳企业所得税，则可以先将留存收益进行分配，降低净资产，再转让股权，从而降低转让所得，减少企业所得税。
（二）、依法按核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，取得的转让股权(股票)收入等转让财产收入，应全额计入应税收入额，按照主营项目(业务)确定适用的应税所得率计算征税。

股权转让的注意事项：
1、签订股权转让协议的主体。
在股权转让中，出让股权的主体应当是公司的股东，受让方可以是原公司的股东，也可以是股东外的第三人。
2、股东会或其他股东的决议或意见。
股东在对外转让股权签订股权转让协议前要征求其他股东意见，其他股东在同等条件下，放弃优先购买权时，才能向股东外第三人转让。
3、对前置审批程序的关注。
一些股权转让协议还要涉及到主管部门的批准，如国有股权、或外资企业股权转让等。
4、明晰股权结构。
股权转让协议受让方应当通过审阅转让股权的股东所在公司的公司章程、营业执照、税务登记证、董事会决议、股东会决议等必要的文件，对转让股权的股东所在公司的股权结构作详尽了解。
5、股权转让协议受让人应认真分析受让股权所在公司的经营状况及财务状况。
6、股权转让协议受让人应尽量了解所受让股权的相关信息，以确定是否存在瑕疵。
7、股权转让协议应要求合同相对方作出一定的承诺与保证。
8、股权转让协议应及时办理工商变更登记手续。

自然人转让股权计税依据明显偏低的税务处理如下：
1、转让股权计税依据明显偏低的判断标准
符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低:
(1)、申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的;
(2)、申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的;
(3)、申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的;
(4)、申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的;
(5)、不具合理性的无偿让渡股权或股份;
(6)、主管税务机关认定的其他情形。
2、转让股权计税依据明显偏低的三种核定方法
(1)、净资产核定法
股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。6个月内再次发生股权转让且被投资企业净资产未发生重大变化的，主管税务机关可参照上一次股权转让时被投资企业的资产评估报告核定此次股权转让收入。
(2)、类比法
参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入核定;
参照相同或类似条件下同类行业企业股权转让收入核定。
(3)、其他合理方法
主管税务机关采用以上方法核定股权转让收入存在困难的，可以采取其他合理方法核定。

公司股权对外转让，其他股东享有优先购买权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权;不购买的，视为同意转让。
两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例;协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。

股权转让后包括如下的权利的转让：
1、发给股票或其他股权证明请求权；
2、股份转让权；
3、股息红利分配请求权：
4、股东会临时召集请求权或自行召集权；
5、出席股东会并行使表决权；
6、对公司财务的监督检查权；
7、公司章程和股东大会记录的查阅权；
8、股东优先认购权；
9、公司剩余财产分配权；
10、股东权利损害救济权；
11、公司重整申请权；
12、对公司经营的建议与质询权等。

股权是否可以自由转让需要根据具体情况而定：
一、对有限责任公司而言。
正常情况下，股东之间是可以自由转让股权的。但是《公司法》允许公司章程作出例外规定，股东可以对股权内部转让进行限制。实践中，一些公司股东基于公司控股权之争往往规定了一定限制。股东们基于风险防范和股权结构的考虑，通过章程限制公司内部股权转让的条件，规定公司内部转让时其他股东按持股比例的优先购买权，法律应当允许。
二、对于股份有限公司而言。
股份自由转让是一个外部性的问题，外部性的问题一般是不能通过章程予以变更的。如果公司章程要通过章程对无记名股票转让附加限制条件，就是对股份公司基本制度的根本破坏，就是对公司利益相关者权益的重大侵害。因此，在股份有限公司中，《公司法》中关于股份自由转让原则属于强制性规定，是不能通过公司章程予以变更的。

公司擅自转让股份，会侵犯股东权益。
一般情况下，股东没有经过其他股东同意擅自转让股权是不合法的，会侵犯到股东的权益。股权转让虽说是可以自由进行买卖的，但股东向股东以外的人转让其出资时，必须经全体股东过半数同意;不同意转让的股东应当购买该转让的出资，如果不购买该转让的出资，视为同意转让，经股东同意转让的出股权，在同等条件下，其他股东对该出资有优先购买权。

股份的表现形式是股票。
依据《公司法》，股份有限公司的资本划分为股份，每一股的金额相等。
公司的股份采取股票的形式。股票是公司签发的证明股东所持股份的凭证。
在实践中，除了股票，股份可能还有哪些表现形式股份可能存在的表现形式还包括工商管理部门的登记、股东名册的记载、合法取得股份但登记形式欠缺等。