（一）在税收优惠政策执行中，防治污染与发展地方经济存在矛盾。以苏北某县为例，该县共有13户水泥厂，全部有省计经委颁发的资源综合利用企业证书，享受资源综合利用企业优惠政策。但这13户中有9户年产量在10万吨以下，属于中小型企业，由于技术水平和资金积累能力有限，不可能投入较多的资金装备先进的防治污染设备，造成严重的环境污染，对人民的生产和生活造成严重影响。

（二）在企业财务核算中，税收政策规定与企业利润*化存在矛盾。税收政策和会计制度都规定，企业的应税项目与免税项目必须分开核算收支和盈亏，能够准确反映各项目的税金实现与缴纳情况。目前绝大部分小水泥生产企业都生产两种水泥，即强度等级分别为32。5的普通水泥和42。5的高标号水泥，资源综合利用政策规定的掺入废渣30%以上的水泥产品只能是强度等级为32。5的普通水泥，企业只有对生产的这两种水泥从原材料投入到产品销售、实现利润等都分别核算，分别申报纳税，才能享受即征即退增值税的政策优惠。然而，由于企业追求的目标是利润*化，特别是私营企业更是如此，许多企业在取得退税资格后，为了多退税，将生产销售的应税产品按免税产品核算，达到多退税款的目的。

（三）在资格认定中，各部门之间的职责分工方面存在矛盾。现行政策规定，资源综合利用企业享受退税资格的认定，是由多个部门共同进行的，经贸部门牵头，质量技术监督部门负责产品中废渣掺入比例测定，国税和地税部门负责财务核算情况评定。部门之间虽然分工明确，但由于缺乏相互协调与相互监督制约，往往各行其事，而企业产品掺入比例与财务核算又是企业必须同时具备的条件，质量技术监督部门检测废渣掺入比例是否达到或超过30%，是采取随机抽检的办法，而税务部门评定的企业财务核算中废渣的掺入比例以及是否将应税产品与免税产品分开核算是一个总体上的标准，不可能分某一批产品来评定。这样带来的问题是，往往质量技术监督部门测定的比例达到或超过30%，而税务部门在对其的财务核算和废渣掺入比例进行综合评定时不符合政策要求，或者税务部门从总体上评定企业符合要求，而技术监督部门检测的废渣掺入比例达不到标准，或有些企业被检测的产品达到标准，没有被抽样检测的产品又不符合标准，部门之间缺乏协调机制，信息缺乏沟通，一方面给一部分企业造成了不必要的麻烦；另一方面，也确实给部分不符合政策规定的企业提供了可乘之机。