首先是股权转让方和受让方都要按照万分之五缴纳印花税，属于产权转移书据。
其次，对于股权转让方，如果是自然人股东，需要按规定缴纳个人所得税，属于平价和低价转让的，不缴纳个人所得税，但是需要主管税务机关确认，具体参看《股权转让所得个人所得税管理办法》。如果股权转让方是法人企业的，需要按规定缴纳企业所得税。其中居民企业在转让时按规定预交企业所得税;对于未在境内设立机构的非居民企业，需要按规定缴纳企业所得税，税率为10%。政策依据：《股权转让所得个人所得税管理办法》、《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》、《中华人民共和国企业所得税法》及实施条例。
《国家税务总局关于切实加强高收入者个人所得税征管的通知》(国税发〔2024〕50号)规定：对个人独资企业和合伙企业从事股权(票)、期货、基金、债券、外汇、贵重金属、资源开采权及其他投资品交易取得的所得，应全部纳入生产经营所得，依法征收个人所得税。
《财政部国家税务总局关于印发<关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定>的通知》(财税〔2000〕91号)规定：第四条
个人独资企业和合伙企业(以下简称企业)每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的个体工商户的生产经营所得应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
按照上述文件的规定可以判定，合伙企业的股权转让所得属于合伙企业的生产经营所得，依据合伙企业生产经营所得采取先分后税的原则，对于个人投资人，比照个人所得税法的个体工商户的生产经营所得应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税;对于法人企业投资者，应当按适用税率缴纳企业所得税。
一些地方为了鼓励股权投资类合伙企业，关于合伙制股权基金中个人合伙人取得的收益，对不执行合伙事务的个人合伙人，按财产转让所得征收20%的个人所得税，对执行合伙事务的个人合伙人，则比照个体工商户的生产经营所得，征收5%至35%的累计所得税。例如：《上海市金融办、上海工商局、国税局、地税局关于本市股权投资企业工商登记等事项的通知》(沪金融办通[2008]3号)规定：执行有限合伙企业合伙事务的自然人普通合伙人，按照《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，按个体工商户的生产经营所得应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。不执行有限合伙企业合伙事务的自然人有限合伙人，其从有限合伙企业取得的股权投资收益，按照《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例的规定，按利息、股息、红利所得应税项目，依20%税率计算缴纳个人所得税。也有部分地方对股权投资类合伙企业自然人合伙人统一按20%的税率征收个人所得税。例如：北京市《关于促进股权投资基金业发展的意见》(京金融办〔2009〕5号)规定：合伙制股权基金中个人合伙人取得的收益，按照利息、股息、红利所得或者财产转让所得项目征收个人所得税，税率为20%。
而随着《国务院关于清理规范税收等优惠政策的通知》(国发〔2024〕62号)的下发，这些不规范的税收优惠将逐步得到清理，国发〔2024〕62号要求各地全面清理已有的各类税收等优惠政策，同时指出：未经国务院批准，各部门起草其他法律、法规、规章、发展规划和区域政策都不得规定具体税收优惠政策。
增值税
增值税主要是面向法人其中包括法人股东、公司、合伙企业、个人独资企业转让公司股权时需要交纳的一个税种。增值税=转让收入(转让金额的不含税价)，税率：一般纳税人为6%，小规模纳税人：3%。
企业所得税
企业把自己的的股权转让给其他家公司、或者个人，都必须缴纳企业所得税;这里必须要强调一下，如果说你的企业是亏损的，转让时就不用缴纳了，如果说你的企业是盈利的那就必须要交了。
企业所得税=转让收入-成本-税费，税率：标准税率为25%，优惠的税率15%。
个人所得税
这个是上面所提到的，如果转让方是个人(自然人),把自己的股权转让给企业，那么你要把转让所得的20%，缴纳个人所得税。
企业所得税=转让收入-成本-税费，税率：20%;
印花税
这个神奇的税种，是涉及到双方的，就是在合同签订时双方都需要依据合同所记载的金额缴纳印花税，当然这个税种是不分法人和自然人。
印花税=合同记载的金额，税率：0.5‰。
《财政部、国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》规定，合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税”的原则纳税。我国《合伙企业法》规定，合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。合伙人的出资、以合伙企业名义取得的收益和依法取得的其他财产，均为合伙企业的财产。
根据上述规定，甲企业需将该项股权转让所得并入生产经营所得和其他所得扣除相关成本费用后的净所得，由投资者分别缴纳所得税。
该项股权投资是以合伙企业的名义出资的，根据《财政部、国家税务总局关于印发关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定的通知》，合伙企业的收入总额包括商品（产品）销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。同时，财税文件规定，生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。
财税规定自然人投资者在取得该项股权转让收益时，应作为投资者的生产经营所得，比照《个人所得税法》中规定的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％～35％的五级超额累进税率，计算缴纳个人所得税。本年度应纳所得税额为（2000－1000）×35％－0.675＝349.325（万元）（暂不考虑该投资者可税前扣除的其他费用）。
如果该项投资是以自然人投资者个人的名义出资的，取得该项股权转让收益则不属于该合伙企业的收益，需要按照《个人所得法》中规定的“财产转让所得”适用２０％的税率，计算缴纳个人所得税。本年度应纳所得税额为（2000－1000）×20％＝200（万元）（暂不考虑可税前扣除的相关合理费用）。
股权出让方不及时办理工商登记变更的应对策略。在股权转让中，股权出让方的主要义务是办理股权交割，交割的主要标志就是完成工商登记变更，将新股东记载在公司工商档案和公司章程中。但是，法律实践中经常出现由于出让方的过错导致无法及时办理工商登记变更的情况，给受让方造成了经济损失。对此，律师根据实践经验，给出如下建议：
(一)股权转让合同要明确约定逾期办理工商变更的违约责任，可以约定按逾期每日一定固定数额或者按照转让价款一定比例(如等同于银行贷款利率的万分之四)的方式计算违约金，加大对出让方违约责任的惩罚力度促使其及时办理变更。
(二)要及时和出让股东外的其他股东联系，了解他们对股权出让的态度，是否同意股权转让给股东外第三人?是否行使优先购买权?等等，必要时可要求参加公司的股东会表决，实时监督。或者，由出让方对公司股东会同意股权转让作出承诺或担保。
(三)在前期意向性协议及股权转让合同中明确约定，如果由于出让方的原因导致转让无法履行的，应当赔偿所发生的全部损失及评估、调查等费用。
(四)可以采取先办理工商变更再付款的方式来确保股权转让资金的安全。
(五)可以也约定出让方逾期不办理工商变更登记的属于合同重大违约，受让方有权单方解除合同并且出让方应当返还全部已付资金并承担全部损失赔偿义务。
(六)可以办理由银行或者公证机构参与的资金第三方监管形式来支付款项。待工商登记完成后再由第三方将资金支付给出让方。
(七)前期的尽职调查要尽可能详细，调查的重点
根据上述规定，甲企业需将该项股权转让所得并入生产经营所得和其他所得扣除相关成本费用后的净所得，由投资者分别缴纳所得税。
该项股权投资是以合伙企业的名义出资的，根据《财政部、国家税务总局关于印发关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定的通知》，合伙企业的收入总额包括商品（产品）销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。同时，财税文件规定，生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。
财税规定自然人投资者在取得该项股权转让收益时，应作为投资者的生产经营所得，比照《个人所得税法》中规定的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％～35％的五级超额累进税率，计算缴纳个人所得税。本年度应纳所得税额为（2000－1000）×35％－0.675＝349.325（万元）（暂不考虑该投资者可税前扣除的其他费用）。
如果该项投资是以自然人投资者个人的名义出资的，取得该项股权转让收益则不属于该合伙企业的收益，需要按照《个人所得法》中规定的“财产转让所得”适用２０％的税率，计算缴纳个人所得税。本年度应纳所得税额为（2000－1000）×20％＝200（万元）（暂不考虑可税前扣除的相关合理费用）。
一、灵活约定仲裁
在合同签定时，如果面临标的大、对方履约诚信差、以及地方保护主义严重等情形时，一般可以采用仲裁的方式，仲裁具有的专业性、灵活性、保密性、快捷性、经济性、独立性的特点以及一裁终局的规定，就可以使我们减少成本，缩短时间，提高效率，减少诉讼带来的麻烦。
二、适当采纳公证
在合同签定的时侯，也可以通过当地公证处进行公证，公证书具有比其他单位和个人提供的证明文件更高的证据能力，司法机关和仲裁机关一般无须审查就可以直接作为认定事实的根据。对于经过公证的合同，在一方违约时，由于公证具有强制执行的效力，对于不履约的经过公证的合同，可以提交法院申请强制执行。
三、巧妙选取代理
在异地诉讼的时候，由于地方保护主义的干扰，对方当事人具有“主场优势”，因此为了保证诉讼取得良好的效果，在必要的时候选取一定的代理机构，对于债务的解决也具有润滑和加持的作用。但是代理的方式对于当事人来说可以灵活选取，如可以打包一并代理，也可以分拆部分代理，通过这种灵活处理，可以有效的节约费用、降低成本。
四、仲裁法
根据我国仲裁法的规定，仲裁统一实行或裁或审、一裁终局制度，同诉讼的两审终审制相比，仲裁更有利于当事人之间迅速解决纠纷。当事人申请仲裁应向仲裁机构递交仲裁协议、申请书及副本。申请书要详细载明当事人的姓名、性别、年龄、职业等情况及事实理由。通过仲裁方式解决债务纠纷，具有较强的保密性，当事人之间大多没有激烈的对抗性。另外，申请仲裁的费用一般比提起诉讼的费用低。
五、申请支付令法
我国民事诉讼法第一百九十一条规定：“人民法院受理申请后，经审查债权人提供的事实、证据，对债权债务关系明确、合法的，应当在受理之日起15日内向债务人发出支付令：申请不成立的，裁定予以驳回。”如果债务人在规定日期内不自觉履行义务，又不提出书面异议，债权人可申请人民法院强制执行。
六、申请先于执行法
先予执行是人民法院在某些案件作出判决以前，为解决原告当前的生活等困难，先向被告执行一定财物的临时措施。我国民事诉讼法第九十七条规定：“人民法院对下列案件，根据当事人的申请，可以裁定先予执行：(一)追索赡养费、扶养费、抚育费、抚恤金、医疗费用的;(二)追索劳动报酬的;(三)因情况紧急需要先予执行的。”
1、印花税
股权转让需要征收印花税，其税目为：产权转移书据，税率为0.05%，缴税主体为股权交易双方，公司不缴税。
如果出现公司代缴税金，需要将其从公司账务中剔除。
2、个人所得税(股权出让方为个人的情况)。
股权转让所得，按照税法规定，出让方应将投资溢价部分按照“资产转让所得”缴纳个人所得税，税率为20%。缴纳主体为股权出让方。股权受让方以及公司不缴税。
如果出现公司代缴税金，需要将其从公司账务剔除。
如果股权出让方为法人单位，股权出让时不涉及所得税税金，其所得合并到法人单位收入计算应税所得。
3、增值税
股权转让目前所得不涉及增值税。
1、“企业法人分立、合并或者其他重要事项变更，应当向登记机关办理登记并公告。企业法人分立、合并，它的权利和义务由变更后的法人享有和承担。”但，根据民法通则的规定，企业的转让，如果该企业拥有债务的，应该先通知债权人，征求债权人的同意，如果债权人不同意的，应当由债务人提供担保以后，方可转让，否则转让行为对债权人无效。
2、如果企业转让时，企业的资产及债权债务由受转让方全部买断，且出让方与受让方在企业转让合同中明确约定由受让方承担全部债权债务，并到工商登记机关办理了企业变更登记手续，债权人应以受让方为被告，要求其对债务承担责任。
3、如果受让方买断了原企业的全部资产，在受让方实际经营中，发现出让方在委托审计、评估中遗漏或清理债务不彻底而遗漏的债务，而受让方已实际接收了出让方的财产，但未到工商部门办理企业变更登记，则债权人可以原企业与受让方作为共同被告。
4、如果是公司股权的转让，一般情况下，公司无论怎么变更，其作为民事主体没有改变，它需独立对外承担责任，新公司只是原公司的变更，必要时需要承担它的债务。但是通常在股权转让时会对债务情况进行调查，并据此约定债务的承担，股权转让时依据净资产转让，否则由原股东对未披露的债务进行担保。
此时需要及时通知公司债权人，要是债权人不同意公司转让的话，则可以要求公司提前清偿债务。而在公司进行转让后，公司原有的债务还是应该由转让后的公司进行承担。
