根据上述规定，甲企业需将该项股权转让所得并入生产经营所得和其他所得扣除相关成本费用后的净所得，由投资者分别缴纳所得税。

该项股权投资是以合伙企业的名义出资的，根据《财政部、国家税务总局关于印发关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定的通知》，合伙企业的收入总额包括商品（产品）销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。同时，财税文件规定，生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得（利润）。

财税规定自然人投资者在取得该项股权转让收益时，应作为投资者的生产经营所得，比照《个人所得税法》中规定的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5％～35％的五级超额累进税率，计算缴纳个人所得税。本年度应纳所得税额为（2000－1000）×35％－0.675＝349.325（万元）（暂不考虑该投资者可税前扣除的其他费用）。

如果该项投资是以自然人投资者个人的名义出资的，取得该项股权转让收益则不属于该合伙企业的收益，需要按照《个人所得法》中规定的“财产转让所得”适用２０％的税率，计算缴纳个人所得税。本年度应纳所得税额为（2000－1000）×20％＝200（万元）（暂不考虑可税前扣除的相关合理费用）。

一、灵活约定仲裁

在合同签定时，如果面临标的大、对方履约诚信差、以及地方保护主义严重等情形时，一般可以采用仲裁的方式，仲裁具有的专业性、灵活性、保密性、快捷性、经济性、独立性的特点以及一裁终局的规定，就可以使我们减少成本，缩短时间，提高效率，减少诉讼带来的麻烦。

二、适当采纳公证

在合同签定的时侯，也可以通过当地公证处进行公证，公证书具有比其他单位和个人提供的证明文件更高的证据能力，司法机关和仲裁机关一般无须审查就可以直接作为认定事实的根据。对于经过公证的合同，在一方违约时，由于公证具有强制执行的效力，对于不履约的经过公证的合同，可以提交法院申请强制执行。

三、巧妙选取代理

在异地诉讼的时候，由于地方保护主义的干扰，对方当事人具有“主场优势”，因此为了保证诉讼取得良好的效果，在必要的时候选取一定的代理机构，对于债务的解决也具有润滑和加持的作用。但是代理的方式对于当事人来说可以灵活选取，如可以打包一并代理，也可以分拆部分代理，通过这种灵活处理，可以有效的节约费用、降低成本。

四、仲裁法

根据我国仲裁法的规定，仲裁统一实行或裁或审、一裁终局制度，同诉讼的两审终审制相比，仲裁更有利于当事人之间迅速解决纠纷。当事人申请仲裁应向仲裁机构递交仲裁协议、申请书及副本。申请书要详细载明当事人的姓名、性别、年龄、职业等情况及事实理由。通过仲裁方式解决债务纠纷，具有较强的保密性，当事人之间大多没有激烈的对抗性。另外，申请仲裁的费用一般比提起诉讼的费用低。

五、申请支付令法

我国民事诉讼法第一百九十一条规定：“人民法院受理申请后，经审查债权人提供的事实、证据，对债权债务关系明确、合法的，应当在受理之日起15日内向债务人发出支付令：申请不成立的，裁定予以驳回。”如果债务人在规定日期内不自觉履行义务，又不提出书面异议，债权人可申请人民法院强制执行。

六、申请先于执行法

先予执行是人民法院在某些案件作出判决以前，为解决原告当前的生活等困难，先向被告执行一定财物的临时措施。我国民事诉讼法第九十七条规定：“人民法院对下列案件，根据当事人的申请，可以裁定先予执行：(一)追索赡养费、扶养费、抚育费、抚恤金、医疗费用的;(二)追索劳动报酬的;(三)因情况紧急需要先予执行的。”

1、印花税

股权转让需要征收印花税，其税目为：产权转移书据，税率为0.05%，缴税主体为股权交易双方，公司不缴税。

如果出现公司代缴税金，需要将其从公司账务中剔除。

2、个人所得税(股权出让方为个人的情况)。

股权转让所得，按照税法规定，出让方应将投资溢价部分按照“资产转让所得”缴纳个人所得税，税率为20%。缴纳主体为股权出让方。股权受让方以及公司不缴税。

如果出现公司代缴税金，需要将其从公司账务剔除。

如果股权出让方为法人单位，股权出让时不涉及所得税税金，其所得合并到法人单位收入计算应税所得。

3、增值税

股权转让目前所得不涉及增值税。

1、“企业法人分立、合并或者其他重要事项变更，应当向登记机关办理登记并公告。企业法人分立、合并，它的权利和义务由变更后的法人享有和承担。”但，根据民法通则的规定，企业的转让，如果该企业拥有债务的，应该先通知债权人，征求债权人的同意，如果债权人不同意的，应当由债务人提供担保以后，方可转让，否则转让行为对债权人无效。

2、如果企业转让时，企业的资产及债权债务由受转让方全部买断，且出让方与受让方在企业转让合同中明确约定由受让方承担全部债权债务，并到工商登记机关办理了企业变更登记手续，债权人应以受让方为被告，要求其对债务承担责任。

3、如果受让方买断了原企业的全部资产，在受让方实际经营中，发现出让方在委托审计、评估中遗漏或清理债务不彻底而遗漏的债务，而受让方已实际接收了出让方的财产，但未到工商部门办理企业变更登记，则债权人可以原企业与受让方作为共同被告。

4、如果是公司股权的转让，一般情况下，公司无论怎么变更，其作为民事主体没有改变，它需独立对外承担责任，新公司只是原公司的变更，必要时需要承担它的债务。但是通常在股权转让时会对债务情况进行调查，并据此约定债务的承担，股权转让时依据净资产转让，否则由原股东对未披露的债务进行担保。

此时需要及时通知公司债权人，要是债权人不同意公司转让的话，则可以要求公司提前清偿债务。而在公司进行转让后，公司原有的债务还是应该由转让后的公司进行承担。

首先是股权转让方和受让方都要按照万分之五缴纳印花税，属于产权转移书据。

其次，对于股权转让方，如果是自然人股东，需要按规定缴纳个人所得税，属于平价和低价转让的，不缴纳个人所得税，但是需要主管税务机关确认，具体参看《股权转让所得个人所得税管理办法》。如果股权转让方是法人企业的，需要按规定缴纳企业所得税。其中居民企业在转让时按规定预交企业所得税;对于未在境内设立机构的非居民企业，需要按规定缴纳企业所得税，税率为10%。

　　股权转让过程中，转让方需要交纳的各种税费

　　一、当转让方是个人

　　如果转让方是个人，要交纳个人所得税，按照20%缴纳。

　　二、当转让方是公司

　　如果转让方是公司，则需要涉及的税费较多，详见参考资料《公司股权转让的税费处理》。具体如下:

　　(一)内资企业转让股权涉及的税种公司将股权转让给某公司，该股权转让所得，将涉及到企业所得税、营业税、契税、印花税等相关问题：

　　1、企业所得税

　　2、营业税

　　3、契税

　　4、印花税

通常，股东的股权转让收益为个人的合法所得，应当依法缴纳个人所得税。国家税务总局最新下达的《关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》中规定，股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税(扣缴)申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续。

如果虽已签订股权转让协议，但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，并向主管税务机关申报。另外，个人股东股权转让所得个人所得税，以发生股权变更企业所在地地税机关为主管税务机关。

纳税人或扣缴义务人应到主管税务机关办理纳税申报和税款入库手续。主管税务机关应按照《个人所得税法》和《税收征收管理法》的规定，获取个人股权转让信息，对股权转让涉税事项进行管理、评估和检查，并对其中涉及的税收违法行为依法进行处罚。除应依法缴纳个人所得税外，在涉及股权转让时，应当依照法律的相关规定，缴纳印花税及其他税费。

一、分配股利或利润

未分配利润通过“利润分配”科目进行核算，“利润分配”科目应当分别“提取法定盈余公积”、“提取任意盈余公积”、“应付现金股利或利润”、“转作股本的股利”、“盈余公积补亏”和“未分配利润”等进行明细核算。

经股东大会或类似机构决议，分配给股东或投资者的现金股利或利润，借记“利润分配——应付现金股利或利润”科目，贷记“应付股利”科目。经股东大会或类似机构决议，分配给股东的股票股利，应在办理增资手续后，借记“利润分配——转作股本的股利”科目，贷记“股本”科目。

二、期末结转

企业期(月)末结转利润时，应将各损益类科目的金额转入“本年利润”科目，结平各损益类科目。结转后“本年利润”科目的贷方余额为当期实现的净利润;借方余额为当期发生的净亏损。

年度终了，企业应将本年实现的净利润，自“本年利润”科目转入“利润分配——未分配利润”科目，借记“本年利润”科目，贷记“利润分配——未分配利润”科目，为净亏损的做相反的会计分录;同时，将“利润分配”科目所属其他明细科目的余额转入“利润分配——未分配利润”明细科目。结转后，本科目除“未分配利润”明细科目外，其他明细科目应无余额。“未分配利润”明细科目的贷方余额，就是未分配利润的金额;如出现借方余额，则表示未弥补亏损的金额

三、弥补亏损

由于未弥补亏损形成的时间长短不同等原因，以前年度未弥补亏损有的可以以当年实现的税前利润弥补，有的则须用税后利润弥补。无论是以税前利润还是以税后利润弥补亏损，其会计处理方法均相同。企业应将当年实现的利润自“本年利润”科目转入“利润分配——未分配利润”科目的贷方，其贷方发生额与“利润分配——未分配利润”的借方余额自然抵补。

但是，以税前利润和以税后利润弥补亏损在计算交纳所得税时的处理是不同的。在以税前利润弥补亏损的情况下，其弥补的数额可以抵减当期企业应纳税所得额，而以税后利润弥补的数额，则不能作为纳税所得扣除处理。

只要当事人不违反法律的强制性规定，不损害国家和第三人的合法权益，法律允许股东自由确定股权转让价格。我国《公司法》及相关法律除了对国有股权的转让估价作了限制性规定外，对于普通股权转让价格的确定并未作具体的规定。在实践中，普通股权的转让价格通常由以下几种方式确定：

1、当事人自由协商确定，即股权转让时，股权转让价款由转让方与受让方自由协商确定，可称为“协商价法”。

2、以公司工商注册登记的股东出资额为股权转让价格。可称为“出资额法”。

3、以公司净资产额为标准确定股权转让价格，可称为“净资产价法”。

4、以审计、评估的价格作为依据计算股权转让价格，可称为“评估价法”。

5、以拍卖价、变卖价为股权转让价格。

股权转让是股东行使股权常见而普遍的方式，中国《公司法》规定股东有权通过法定方式转让其全部出资或者部分出资。