自然人转让股权计税依据明显偏低的税务处理如下：
1、转让股权计税依据明显偏低的判断标准
符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低:
(1)、申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的;
(2)、申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的;
(3)、申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的;
(4)、申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的;
(5)、不具合理性的无偿让渡股权或股份;
(6)、主管税务机关认定的其他情形。
2、转让股权计税依据明显偏低的三种核定方法
(1)、净资产核定法
股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。6个月内再次发生股权转让且被投资企业净资产未发生重大变化的，主管税务机关可参照上一次股权转让时被投资企业的资产评估报告核定此次股权转让收入。
(2)、类比法
参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入核定;
参照相同或类似条件下同类行业企业股权转让收入核定。
(3)、其他合理方法
主管税务机关采用以上方法核定股权转让收入存在困难的，可以采取其他合理方法核定。

公司股权对外转让，其他股东享有优先购买权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权;不购买的，视为同意转让。
两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例;协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。

股权转让后包括如下的权利的转让：
1、发给股票或其他股权证明请求权；
2、股份转让权；
3、股息红利分配请求权：
4、股东会临时召集请求权或自行召集权；
5、出席股东会并行使表决权；
6、对公司财务的监督检查权；
7、公司章程和股东大会记录的查阅权；
8、股东优先认购权；
9、公司剩余财产分配权；
10、股东权利损害救济权；
11、公司重整申请权；
12、对公司经营的建议与质询权等。

股权是否可以自由转让需要根据具体情况而定：
一、对有限责任公司而言。
正常情况下，股东之间是可以自由转让股权的。但是《公司法》允许公司章程作出例外规定，股东可以对股权内部转让进行限制。实践中，一些公司股东基于公司控股权之争往往规定了一定限制。股东们基于风险防范和股权结构的考虑，通过章程限制公司内部股权转让的条件，规定公司内部转让时其他股东按持股比例的优先购买权，法律应当允许。
二、对于股份有限公司而言。
股份自由转让是一个外部性的问题，外部性的问题一般是不能通过章程予以变更的。如果公司章程要通过章程对无记名股票转让附加限制条件，就是对股份公司基本制度的根本破坏，就是对公司利益相关者权益的重大侵害。因此，在股份有限公司中，《公司法》中关于股份自由转让原则属于强制性规定，是不能通过公司章程予以变更的。

公司擅自转让股份，会侵犯股东权益。
一般情况下，股东没有经过其他股东同意擅自转让股权是不合法的，会侵犯到股东的权益。股权转让虽说是可以自由进行买卖的，但股东向股东以外的人转让其出资时，必须经全体股东过半数同意;不同意转让的股东应当购买该转让的出资，如果不购买该转让的出资，视为同意转让，经股东同意转让的出股权，在同等条件下，其他股东对该出资有优先购买权。

股份的表现形式是股票。
依据《公司法》，股份有限公司的资本划分为股份，每一股的金额相等。
公司的股份采取股票的形式。股票是公司签发的证明股东所持股份的凭证。
在实践中，除了股票，股份可能还有哪些表现形式股份可能存在的表现形式还包括工商管理部门的登记、股东名册的记载、合法取得股份但登记形式欠缺等。

债转股指的是将债务转为资本，债权人应当将享有股份的公允价值确认为对债务人的投资，重组债权的账面余额与股份的公允价值之间的差额，比照以非现金资产清偿债务的债务重组会计处理规定进行处理。
债权是一种契约性的权利，而股权是一种非契约性的权利，贷款本息作为债务，不仅债权人具有强制性的索偿权利，而且企业要将这些债务作为负债或财务费用在企业资产负债表的负债方列示，它的增加直接影响企业的利润并决定了企业是否能够持续经营。股本作为企业的资本金，股权人没有强制性的索偿权利，只在企业盈利时有分红的权利，而且股本在企业资产负债表的所有者权益中列示，它的增加不但不会影响企业的利润，而且增强了企业的持续经营能力。债转股正是利用了这种区别，将债权转成股权，减少企业贷款的本息支出，增加企业的资本金，最终达到使企业扭亏的目的。债转股比其他减免企业债务措施的优越之处在于，金融资产管理公司对企业债转股后获得了持股权，可借此参与或控制企业，进行资产重组，从更深层、更根本的企业体制改革人手解决不良负债问题。金融资产管理公司对债转股企业可能会有不同程度的持股权，从而对企业的重组过程的操作及重组效益的实现会有所不同。金融资产管理公司对债转股企业的控股重组，由弱至强，大致有三种情况：第一种，减轻企业债务负担。第二种，尽快退回资产权益。第三种，控股重组企业。

股权转让的限制如下：
1、封闭性限制
股东之间可以相互转让其全部出资或者部分出资。股东向股东以外的人转让其出资时，必须经全体股东过半数同意;不同意转让的股东应当购买该转让的出资，如果不购买该转让的出资，视为同意转让。
2、股权转让场所的限制
股东转让其股份，必须在依法设立的证券交易所进行。
无记名股票的转让，由股东在依法设立的证券交易所将该股票交付给受让方即发生转让的效力。
3、发起人持股时间的限制
发起人持有的该公司股份，自公司成立之日起1年内不得转让。
4、董事、监事、经理任职条件的限制
公司董事、监事、高级管理人员应当向公司申报所持有的本公司的股份及其变动情况，在任职期间每年转让的股份不得超过其所持有本公司股份总数的百分之二十五;所持本公司股份自公司股票上市交易之日起一年内不得转让。上述人员离职后半年内，不得转让其所持有的本公司股份。
5、特殊股份转让的限制
国家授权投资的机构可以依法转让其持有的股份，也可以购买其他股东持有的股份。转让或者购买股份的审批权限、管理办法，由法律、行政法规另行规定。
6、取得自己股份的限制
公司不得收购该公司的股票，但为减少公司资本而注销股份或者与持有该公司股票的其他公司合并时除外。
公司不得接受该公司的股票作为抵押权的标的。

股权转让手续如下：
1、首先需要将股权转让给第三方，与第三方(受让方)签订《股权转让协议》，约定股权转让价格、交接、债权债务、股权转让款的支付等事宜，转让方与受让方在《股权转让协议》上签字盖章。
2、需要其他股东对股份转让给第三方放弃优先购买权，出具放弃优先购买权的承诺或证明。
3、需要召开老股东会议，经过老股东会表决同意，免去转让方的相关职务，表决比例和表决方式按照原来公司章程的规定进行，参加会议的股东在《股东会决议》上签字盖章。
4、需要召开新股东会议，经过新股东会表决同意，任命新股东的相关职务，表决比例和表决方式按照公司章程的规定进行，参加会议的股东在《股东会决议》上签字盖章。讨论新的公司《章程》，通过后在新的公司《章程》上签字盖章。
5、在上述文件签署后，向公司注册地工商局提交《股权转让协议》、《股东会决议》、新的《公司章程》等文件，由公司股东会指派的代表办理股权变更登记。
6、股权转让的债权债务一般由转让方与受让方在《股权转让协议》中进行详细约定。