面这几种情形下，用人单位从员工的工资中进行扣发是合法的：
1、代扣个人所得税；
2、代缴社会保险的个人缴费部分和住房公积金的个人缴费部分；
3、协助执行法院判决、裁定，及其它生效的法律文书；
4、抵扣用人单位的损失。
按1、《工资支付暂行规定》第16条的规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，需要注意的是，这种情况下的扣发，有两个限制，一是每月扣除的部分不能超过劳动者当月工资的20%；二是扣除后剩余的工资不能低于当地的最低工资，若低于最低工资标准，则按最低工资标准支付。当然，对于劳动者给用人单位造成损失的，也可以选择让劳动者另行一次性赔偿单位损失，但从工资中直接扣发的话，不能违反上述规定。
在劳动者有缺勤的情况下，如病假或事假，用人单位按照法律规定和规章制度规定，对缺勤期间的工资另行计算，比正常上班工资要低，这不是扣发，而是缺勤期间本来就该少拿或不拿工资，是合法的。

以下项目不列入工资总额范围
（一）根据国务院发布的有关规定颁发的创造发明奖、自然科学奖、科学技术进步奖和支付的合理化建议和技术改进奖以及支付给运动员、教练员的奖金；
（二）有关劳动保险和职工福利方面的各项费用；（见注释1）
（三）有关离休、退休、退职人员待遇的各项支出；
（四）劳动保护的各项支出（见注释1）；
（五）稿费、讲课费及其他专门工作报酬；
（六）出差伙食补助费、误餐补助、调动工作的旅费和安家费；
（七）对自带工具、牲畜来企业工作职工所支付的工具、牲畜等的补偿费用；
（八）实行租赁经营单位的承租人的风险性补偿收入；
（九）对购买本企业股票和债券的职工所支付的股息（包括股金分红）和利息；
（十）劳动合同制职工解除劳动合同时由企业支付的医疗补助费、生活补助费等；
（十一）因录用临时工而在工资以外向提供劳动力单位支付的手续费或管理费；
（十二）支付给家庭工人的加工费和按加工订货办法支付给承包单位的发包费用；
（十三）支付给参加企业劳动的在校学生的补贴；
（十四）计划生育独生子女补贴。

（一）工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
（二）关于解除或终止劳动合同时的工资支付，根据1、《工资支付暂行规定》第9条的规定：劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
（三）关于临时和具体工作的工资支付，根据1、《工资支付暂行规定》第8条的规定：对完成一次性临时劳动或某项具体工作的劳动者，用人单位应按有关协议或合同规定在其完成劳动任务后即支付工资。

年终双薪，也就是所谓的第13个月工资，有关法律中没有明确规定用人单位必须给职工支付13个月工资，但是13个月工资的情况在我国很多企业中非常普遍，是国外企业传过来的一种薪酬方式。有的企业是合同中与职工约定，干满12个月，或者到年底的时候，可以享受第13个月的工资。
如果有了这样的约定，企业必须要给职工支付第13个月工资。如果合同中没有规定，企业给第13个月工资就不能强求。说到工资的标准，国家立法中并没有关于第13个月工资的任何规定，所以第13个月工资给付的额度，是基本工资还是全额工资，或者还是奖金，完全要根据企业与员工的约定，或者企业薪酬福利政策的规定来确定。

所谓无责任底薪，是指员工即使没能完成用人单位所下达的任务指标也可以拿到该单位所规定的最低薪水，所谓责任底薪就是你必须得完成单位所规定的任务，如果一点没完成就没有薪水，因此我们在 与用人单位签定劳动合同时要提防公司提出的责任底薪，用人单位常常拿责任底薪这种模糊的概念来骗劳动者白白地为他们工作。
无责任底薪，指员工不用完成上级交代的任务指标就能得到的薪水，员工对此不需要承担任何责任，有一点“不劳而获”的意思。
简单地说，就是员工每个月“保底”的薪水。对于得到无责任底薪需要付出什么，不同的公司有不同的要求，不少公司仅要求员工每天坐班或出去跑业务就可以给无责任底薪。而很多正在寻找工作的人并没有意识到工资≠无责任底薪，所以上当受骗。
无责任底薪基本上是指员工本本分分、规规矩矩地完成最基本的工作且没有违反公司规定而得到的出于鼓励目的的薪水。而工资既可以指总收入又可以指某项单独的薪水，很明显是有空可钻。

工资应当以法定货币方式支付。用人单位在一般情况下，应当用人民币支付劳动者工资，特定用人单位（外资企业）可以用外币支付。除法律规定或集体合同规定的情况外，不得以实物及有价证券代替货币支付。
1、《劳动法》第50条，排除发放实物、发放有价证券等形式。
按月支付应理解为每月至少发放一次工资，实行月薪制的单位，工资必须每月发放，超过企业与职工约定或劳动合同规定的每月支付工资的时间发放工资即为不按月支付。实行小时工资制、日工资制、周工资制的单位工资也可以按日或按周发放，并且要足额发放。克扣是指用人单位对履行了劳动合同规定的义务和责任，保质保量完成生产工作任务的劳动者，不支付或未足额支付其工资。无故拖欠应理解为，用人单位无正当理由在规定时间内故意不支付劳动者工资。

在确定加班工资的计算基数时，劳动合同中对工资有约定的，应按不低于劳动合同约定的劳动者本人所在岗位相对应的工资标准确定。劳动合同中没有约定的，可由用人单位与员工代表通过集体协商，在集体合同中明确。用人单位与劳动者无上述约定的，按劳动者本人所在岗位正常出勤月工资的70%确定。要注意的是，如果上述办法确定的加班工资计算基数低于最低工资的，则要按最低工资计算。计算公式：
节假日加班工资=加班工资的计算基数÷21.75× 300%
休息日加班工资=加班工资的计算基数 ÷21.75× 200%
计算加班工资时，日工资按平均每月工作时间21.75天折算，小时工资则在日工资的基础上再除以8小时。

1、用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者解除、终止劳动合同的经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（1）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（2）安排加班不支付加班费的；
（3）未依照劳动合同的约定或者未依照本法规定支付劳动者劳动报酬的；
（4）解除、终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
2、用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，人民法院应当依法发出支付令。

最低工资标准的发布程序是：拟定和调整最低工资标准，应先报劳动保障部征求意见，报出25日内未接到变更意见，或接到变更意见进行修改后，报省、自治区、直辖市人民政府批准发布，并报国务院备案，同时抄送劳动保障部。
严格执行1、《劳动法》及其配套规章有关企业工资支付的规定，保证提供正常劳动的职工获得符合国家政策的劳动报酬。对生产正常的企业和困难企业中的在岗职工，要采取各种有效措施，确保实发工资水平不低于当地最低工资标准。
劳动保障行政部门要对企业执行最低工资保障制度的情况进行监督检查，对违反国家有关法律、法规规定的企业，按该规定予以处罚。要总结经验，研究建立在社会主义市场经济条件下调整最低工资标准的机制，并在国家已有的政策法规的基础上，完善最低工资立法。要建立健全企业欠薪保障制度，使保障困难企业职工基本生活的工作逐步走上法制化轨道。

我国1、《劳动法》第五章明确规定，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。最低工资的确定实行政府、工会、企业三方代表民主协商的原则，主要根据本地区低收入职工收支状况、物价水平、职工赡养系数、 平均工资、劳动力供求状况、劳动生产率、 地区综合经济效益等因素确定，另外，还要考虑对外开放的国际竞争需要及企业的人工成本承受能力等。当上述因素发生变化时，应当适时调整最低工资标准，每年最多调整一次。
最低工资是指劳动者在法定工作时间内提供了正常劳动的前提下，其所在企业应支付的最低劳动报酬。它不包括加班加点工资，中班、夜班、高温、低温、井下、有毒有害等特殊工作环境、条件下的津贴，以及国家法律法规、政策规定的劳动者保险、福利待遇和企业通过贴补伙食、住房等支付给劳动者的非货币性收入等。
最低工资保障制度适用于我国境内的所有企业，包括国有企业、集体企业、外商投资企业和私营企业等。截止到目前，我国已有除西藏外的30个省、自治区、直辖市建立并实施了最低工资保障制度，正式公布了最低工资标准。最低工资保障制度的实施，对促进劳动力市场的发育，促进工资管理和工资支付的法制化，加强企业工资收入的宏观调控，制止部分企业过分压低职工工资，保护劳动者合法权益，发挥了积极作用。