1、遵循公平原则，兼顾双方的利益。
《劳动法》第22条规定：劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守用人单位商业秘密的有关事项，这是劳动领域中订立保密协议的法律依据。
2、明确保密范围。
不同的企业和同一企业的不同时期，所持的商业秘密是不一样的，在约定保密内容时，务必把需要保密的对象、范围、内容和期限等明确下来。
3、明确保密主体和保密义务期限。
除保密岗位和技术岗位这两种涉密岗位以外，一般员工(包括不承担保密义务的人员)在工作中有意或无意获悉公司的商业秘密时，也应该列入保密主体的范围，承担保密责任；掌握了商业秘密的员工的家属、朋友，对保守商业秘密也应该履行同等义务。
虽然法律规定，保守公司商业秘密的义务不因劳动合同的解除、终止而免除，但由于商业秘密存在过期、被公开或被淘汰的情况，因此最好还是约定保密义务的起止时间。此外，保密主体在用人单位授权、司法调查或用于个人学习研究等特殊情况下使用商业秘密的，均可不视为违约。
4、采取竞业限制、脱密期保护等特殊方式操作时应当规范。
竞业限制一般表现为，要求在职职工不得到同类企业兼职、离职后未经同意不得到原企业竞争对手处任职、不得自行组建同类企业参与竞争、不得唆使原单位的其他员工接受外界聘用、不为企业竞争对手提供咨询、建议服务等。
1、明确竞业限制对象
竞业限制的对象不是全体员工，竞业限制的对象必须是企业中知悉商业秘密的员工。我国劳动合同法规定，竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制是对劳动者就业权利的限制，故劳动者在签订协议前要明确是否有签约义务，否则可以拒绝签订竞业限制协议，维护自己的劳动权利。
2、明确竞业限制的范围
竞业限制的范围是指对劳动者再就业时的择业限制范围。我国《劳动合同法》规定，竞业限制的范围由用人单位与劳动者约定，但约定不得违反法律、法规的规定。
3、明确竞业限制的地域
竞业限制的范地域是指对劳动者再就业时的地域的限制。我国《劳动合同法》规定，竞业限制的地域由用人单位与劳动者约定，但约定不得违反法律、法规的规定。
4、明确竞业限制年限
我国劳动合同规定，竞业限制期限由用人单位与劳动者约定，但不得违反法律、法规的规定。同时《劳动合同法》有规定，在解除或者终止劳动合同后，劳动者到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。这就意味着上述特定的竞业限制协议的年限不的超过两年，否则超过的期限无效。
用人单位只应当与接触、知悉、掌握商业秘密的员工签订商业秘密保护条款(协议)，而不是普通员工或职工，更不能是全体员工。当然，企业还应当根据自身的性质和情况分析确定企业中的哪些人员掌握了商业秘密。对于某些不在保密岗位和技术岗位的普通员工，在工作中有意或无意获悉公司的商业秘密时，也应该列入保密主体的范围。
实践中，商业秘密保护主要应针对公司企业的6类关键岗位员工：
(1)高层管理者，他们往往掌握企业的核心商业秘密;
(2)技术研发人员，因工作需要，他们可能了解重要的商业秘密或保密信息;
(3)高级营销人员，他们直接掌握着大量的客户资源;
(4)重要管理岗位的人员，如HR、财务管理、法务管理人员，许多公司关键资料都在他们那里;
(5)秘书人员，其职责是进行会议记录，管理和传发文件，其接触商业秘密的可能性是非常大的。
(6)重要信息员，企业内的各种调研数据等都掌握在他们手里，这主要是针对咨询行业来说。
尽可能限制商业秘密的知悉范围。企业应尽量控制知悉商业秘密的员工人数，也尽可能实行分段或分部接触，各人手上掌握的只是不能独立发挥作用的局部。
用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。
用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
