首先，遇到员工擅自离职的，用人单位应当以书面形式送达通知书，限定员工在指定是时间内回公司上班，并提出如限期内不上班的处理措施。
其次，当员工擅自离职达到可以辞退的标准时侯，用人单位应当将解除劳动关系的事宜公开，并以书面形式送达离职通知书给员工，通知其前来办理交接工作以及离职手续。
至于通知书的送达，用人单位应采取挂号信或EMS形式，将通知书送达至员工信息登记的住址、身份证地址，或者经济联系人地址，并保存好回执。送达日期，以签收日期为标准。若员工不签收，或邮寄信被退回，用人单位应当完好保留邮寄信，如有争议发生，至开庭时方才当仲裁员的面打开邮寄信，以证明用人单位履行了通知义务和用人单位解除劳动合同的意愿。必要时，用人单位可以在报纸上登声明，自通告之日起满30天视为送达。
另外，如果员工违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制的，造成用人单位损失的，用人单位可以申请仲裁，要求员工赔偿损失。如果用人单位为员工支付了培训费用，而员工未到期离开的，用人单位可以要求劳动者赔偿培训费。如果员工未与公司办理离职手续就到其他公司上班，造成原公司损失的(有实际数字证据)，公司可以要求员工赔偿损失。如果擅自离职，没有办完合法手续，出现相关劳动方面问题，劳动者需承担一部分责任，员工要离职法律程序，是维护自身权益的最好方式。

员工以担心传染病为由，未按时返回复工的，企业应从社会责任、人性化管理和职工流失成本等角度综合考虑，根据实际情况采取灵活安排工作时间办法调整用工方式，安排其申请病假、事假等手续或安排其休年休假。有条件的企业可以安排员工在家办公，并视为正常出勤，依法支付职工工资;员工不同意休假安排或不适宜安排其复工的，双方可在协商一致的基础上签订《待岗协议》、《劳动关系中止协议》或变更劳动合同，约定待岗劳动关系中止期间工资待遇、社会保险缴费和工龄计算等事项;另外，企业也可引导员工主动辞职或协商解除劳动关系。双方无法协商一致的，根据企业规章制度依法依规处理。

协商解除劳动合同，可以参照《民法典》第四百七十条约定条款，包括

(一)当事人的姓名或者名称和住所;

(二)标的（解除的劳动合同）;

(三)经济补偿金;

(四)履行期限、地点和方式;

(五)生效时间；

(六)违约责任;

(七)解决争议的方法；

(八)其他关于保密协议和竞业限制的履行；

(九)其他约定（兜底条款）。用人单位可以根据实际情况进行增减，包括背景部分介绍，双方平等自愿、协商一致的申明等，同时还需注明签订时间。

员工医疗期满继续请病假，公司可以不予批准，或根据员工的实际情况进行调岗或降薪，员工拒绝到岗或拒绝公司的合理安排的，公司可以解除劳动合同。但公司在进行上述处理时应当注意对证据的收集后保存，为可能发生的仲裁或诉讼作好准备工作。

根据协议的性质，如果约定分费用与法律规定的相差较大，建议与员工协商或签订补充协议；如果约定的费用与法律规定的数额相差不大，公司可以视情况申请劳动仲裁或者直接向法院起诉确认协议的效力。

“重大误解”是合同撤销的理由，要认定协商解除劳动合同协议存在重大误解，一是根据协议约定条款的文字表述是否存在歧义，二是根据合同目的看最终协议达到的效果是否符合协议签订目的。

员工可以继续主张加班费用的，因为员工加班是事实，用工单位支付加班工资是义务，而加班费用未支付是一种事实，根据《劳动合同法》第三十一条的规定，还是应当支付。除非用工单位能够证明放弃加班费的协议属于双方达成一致意见，且以其他方式给予了相应补偿，用工单位提供充分的证据，仲裁委或者法院才有可能支持。

包薪制劳动合同大多来源于互联网企业内部的规章制度，法律没有明确的规定，但正常的工资和加班工资是两回事，合同中约定加班费包含在工资中属于非法约定，因此没有法律效力，用人单位在工资之外仍然需要支付加班费。《北京市高级人民法院关于劳动争议案件法律适用问题研讨会纪要》第23条规定：“用人单位与劳动者虽然未书面约定实际支付的工资是否包含加班工资，但用人单位有证据证明已支付的工资包含正常工作时间工资和加班工资的，可以认定用人单位已支付的工资包含加班工资。但折算后的正常工作时间工资不得低于当地最低工资标准。”此规定在实践中作为仲裁的重要依据，可以发现，笼统回答“加班费包含在工资中”的约定无效，是不合适的。

从事接触职业病危害的作业的劳动者，未进行离岗前职业健康检查的，用人单位不得解除劳动关系，用人单位违法解除劳动关系，需要按劳动合同法规定经济补偿金的二倍支付赔偿金。　　
根据《职业病防治法》第三十六条对从事接触职业病危害的作业的劳动者，用人单位应当按照国务院安全生产监督管理部门、卫生行政部门的规定组织上岗前、在岗期间和离岗时的职业健康检查，并将检查结果书面告知劳动者。职业健康检查费用由用人单位承担。
用人单位不得安排未经上岗前职业健康检查的劳动者从事接触职业病危害的作业；不得安排有职业禁忌的劳动者从事其所禁忌的作业；对在职业健康检查中发现有与所从事的职业相关的健康损害的劳动者，应当调离原工作岗位，并妥善安置；对未进行离岗前职业健康检查的劳动者不得解除或者终止与其订立的劳动合同。职业健康检查应当由省级以上人民政府卫生行政部门批准的医疗卫生机构承担。

按无固定期限劳动合同处理。根据《劳动合同法》第四十二条第五项规定，在本单位连续工作满十五年，且距法定退休年龄不足五年的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。且按《劳动合同法》第十四条第二款第一项规定，劳动者在该用人单位连续工作满十年的，应当订立无固定期限劳动合同。