与非职务作品在著作权归属、法律责任、著作权主体的完整性以及法律保护的期限等方面存在重大差异，必须予以区分。
1、著作权归属不同职务作品的著作权归属因不同情况而有所不同。一般情况下，职务作品的著作权由作者享有，因为作品首先是作者思想感情的表现，是创作者辛勤劳动的结晶，同其他劳动成果一样也应给予保护。而且由于其劳动成果的无形性，并不像有形产品那样一旦该产品为某人所支配，就产生排他使用的效力，著作作品并不因为为特定人所拥有而阻碍他人的利用。职务作品的权利归属于作者，也符合我国著作权法所确立的“保护作者权益”原则。但在下列两种情况下，职务作品的署名权归作者，而其他权利归法人或非法人单位：
（1）主要是利用法人或其他组织的物质技术条件创作并由法人或其他组织承担责任的工程设计图、产品设计图、地图、计算机软件等职务作品。
（2）法律、行政法规或者合同约定著作权由法人或其他组织享有的职务作品。之所以把名权之外的其他著作权归属于单位，主要是因为这些作品的创作一般都必须依靠单位条件，否则作品难以创作出来，为调动单位创作的积极性，就应当适当给予它利益，并保护它的利益，这样才有利于作品的创作。而非职务作品的著作权要么完全归属于自然人，要么完全归属于单位，不发生自然人和单位分享著作权的情形。
2、著作权主体的完整性不同所谓完整的著作权主体是指拥有作品的全部人身权和财产权而言。如前文所述，职务作品的著作权一般情况下归作者享有，在特定情况下归单位所有。但是，不论归作者享有还是归单位享有，这种著作权都是不完整的。在前一种情况下，单位在一定时期内（作品完成后两年内）享有优先使用权，第三人不得以相同方式使用该作品，在后一种情况下，单位不享有署名权。而非职务作品无论是归单个的自然人所有亦或是归单位所有，他（它）们所享有的都是完整的著作权。
3、法律责任归属不同每份作品的创作都可能产生一定的法律责任，由于作品是创作者思想感情的表达和外化，因而创作者应对其作品承担责任。职务作品责任的承担有两种情况：一是由作者承担。另一种是基于职务作品的特殊性而由单位承担（著作权法第16条第2款所规定的两种特殊情形）。
