1、性质不同。设立协议是任意性文件,当然在实践中公司发起人大多会订立此种协议。但除了股份有限公司、中外合资公司和中外合作公司外,法律并不强求发起人一定要订立设立协议。而公司章程是法律规定的公司设立的必备性文件。任何公司都必须以提交章程为法定要件。
2、内容不同。设立协议是不要式法律文件,主要根据当事人之间的意思表示规定各发起人在公司筹办过程中的权利和义务,实质上为当事人之间的合同。公司章程是要式法律文件,一方面反映了当事人的主观要求,而另一方面更反映和体现了法律对公司内外关系的强制性要求。因此公司章程必须按公司法的要求制定,其内容要包括法定的事项,否则将导致章程无效。
3、效力不同。设立协议仅对设立阶段的发起人具有合同性质的约束力。公司章程对公司、股东、董事、高级管理人员等均有约束力。