保护改制企业小股东的合法权益的方法如下:
1、在公司法强制性规定的情况下,在章程中可制定更为严格的规定,以制约大股东的行为。
2、针对公司法中章程规定的诸如股东的权利和义务等规定得较为简单或不完善的地方可以细化,具有可操作性。
3、建立公司财务、政务公开制度。
4、赋予普通股东更多的知情权、调查权。
5、对公司董事、经理违反《公司法》第六十条的强制性规定时,可对其作出相应的处罚措施。