变更合同的赔偿责任，是指因变更合同使一方当事人遭受损失，除依法可以免除责任的外，责任方对该损失所承担的赔偿责任。
合同变更同损害赔偿的关系比较复杂，既包括是否赔偿问题，也包括赔偿范围问题，需要根据具体情况分别处理。
(1)因当事人原因(含订约过错、违约原因和当事人自身其他原因)而变更合同的赔偿责任。在因当事人原因变更合同的，如果造成损失，应当由责任方负责赔偿。在双方都无过错的情况下，提出变更的一方当事人应负变更的责任。
需要指出的是，如果合同的变更是由于双方当事人的责任，就应根据各自责任的大小，由各自分担相应的责任。
(2)因上级机关原因而变更合同的赔偿责任。根据《民法典》一百一十六条规定，当事人一方由于上级机关的原因，不能履行合同原义务的，应当按照合同的约定向另一方赔偿损失或者采取其他补救措施，再由上级机关对它因此受到的损失负责处理。因当事人上级机关原因而变更合同的，可以归为上述因当事人原因而变更合同内。
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