运输合同由司机签是有效的。
具体还有看合同内容对于双方责任和义务的规定了。货物运输中出车祸货物损坏,这涉及到货物风险转移问题,主要看合同怎么约定。如果约定由己方负责运输,或由己方自行选择运输方式的话,那么货物损失风险由己方承担;之后可再向车主家属或保险行使追偿。如果约定由己方代办托运,或者对方委托己方找车运输之类的话,那么货物损失的风险由对方承担。