处理股权确认纠纷,可以达成一致意见处理,也可以起诉到法院来进行办理,股权纠纷是指在公司存续过程中,股东通过不断行使各种权利来推动公司的运作,股东之间或股东与非股东之间也时常发生股权转让的情况,由此而引发的股权争议案件,包括股东权纠纷、股权转让纠纷,且逐步成为公司法案件的主要类型之一。诸如利益争夺、政府职能的错误和地方保护主义的存在、国有股和法人股不能流通及不完善的法人治理结构、盲目购并和动机不良购并法制、法规不完善、信息披露不充分等均会引起股权纠纷。
处理股权确认纠纷,可以由双方协商达成一致意见来处理,也可以起诉到法院来进行合法的判决处理,具体情况下可以根据股权确认的相关事项来进行合法的认定,避免法律适用错误的情况。