合并公司股份的处理:合并公司后,各个股东按照原来的持股数量,按照合并以后公司股权总额重新计算合并公司的股权份额,合并后公司的股权通过公司组建专业的评估小组对合并后的公司资产进行清算,确定新的注册资金以及并购以后公司未来的发展每个人所做的贡献来设置。