借款协议与实际履行不符一般按照协议履行。实际履行与合同约定不一致而双方都不表示反对并且已经都实际履行了，就应当属于意思自治的原则。实际履行，又称实物履行原则，是指经济合同当事人必须严格按照合同所规定的标的去履行自己义务的原则。它包括两层含义：
(1)经济合同中规定的是什么标的，当事人就必须交付什么标的，不得擅自更换，不能用其他物品或金钱来代偿；
(2)在经济合同当事人一方违反合同的情况下，违约方即使支付了违约金或赔偿金，也不能免除其履行合同的责任，如果受害方要求违约方继续履行合同的，违约方还应按照合同规定的标的继续履行。
当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。履行不符合约定的，应当按照当事人的约定承担违约责任。对违约责任没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，受损害方根据标的的性质以及损失的大小，可以合理选择请求对方承担修理、重作、更换、退货、减少价款或者报酬等违约责任。
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