1、合同和协议仅是两种不同的名称而已,只要是有权代表签字盖章就生效了,他们本身没有区别。就你的具体事项而言,就同一事项后签署的合同生效的同时原来的协议就失效了,但是不排除原协议约定在后面的合同签署存在重大瑕疵或没有约定明确部分事项时还是可以生效或部分生效!
2、如果后面的协议是一个补充协议,内容写得比较明确、具体、详细、齐全,并涉及到违约责任,效力于合同是相同补充合同=补充协议,两者没有本质区别;补充合同更加的是对主合同的完善和细化,而非变更主合同内容,当然补充合同是可以做为变更主合同的手段。