1.管理不同。财政部驻各省监察专员办是直属国家审计署;审计局是直属地方管理。
2.审计范围不同。财政部驻各省监察专员办在全国范围内都可以审查;而审计局只是在地方范围内审查。
3.财政部驻各省监察专员办是属于国家公务员,福利待遇由财政部发,审计局属于地方公务员,工资由地方财政发。