公司被兼并后应该如何确定纠纷管辖法院

1、根据法律规定："合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”可见，协议管辖约定地点也仅限于双方当事人的住所地或者合同的签约地、履行地、标的物所在地。

2、根据合同法理论约定管辖的合同条款只对签约的双方当事人有约束力，不能约束合同双方当事人以外的人。故合同的一方当事人被并购后，该诉讼主体已不存在，约定管辖条款自动失效。合同的一方当事人与并购方的合同纠纷应适用原告就被告的原则确定管辖；属专属管辖的，则适用专属管辖条款。