最大的区别是，子公司是独立的法人，独立承担民事责任;分公司不是独立的法律主体，不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。具体有以下区别：
1、设立方式不同
子公司由公司股东按照《公司法》的规定设立，应当符合《公司法》对公司设立条件和投资方式的要求。分公司由总公司在其住所地之外向当地工商机关申请设立，属于设立公司分支机构。
2、法律地位不同
子公司是独立的法人，具有法人资格，拥有独立的名称、公司章程和组织机构，对外以自己的名义从事经营活动。分公司不具有法人资格，没有独立的名称、公司章程和组织机构，以总公司分支机构的名义从事经营活动。
3、受控制方式不同
母公司对子公司一般不直接控制，而是通过任免子公司董事会成员、作出投资决策等方式影响子公司的生产经营活动。分公司的人事、业务、财产受总公司的直接控制，在总公司的经营范围内从事经营活动。
4、承担债务责任方式不同
子公司作为独立的法人，以子公司的全部财产为限对其债务承担责任。分公司由于没有自己独立的财产，与总公司在财务上统一核算，因此，其经营债务由总公司负责清偿，即总公司以其全部财产为限对分公司在经营活动中的债务承担责任。
5、领取的营业执照不同
子公司领取的是企业法人营业执照，有法定代表人姓名字样。分公司领取的是营业执照，有负责人字样
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