公司二次清算违法的处理方式是:
可以向相关机关提起民事诉讼,请求清算组或者是股东承担责任。在股东认为清算组成员存在故意或者重大过失行为并造成公司财产损失时,要求公司以提起诉讼的方式予以救济已经无法实现,股东此时应有权参照股东代表诉讼的规定提起诉讼。