公司之间出现合同纠纷可以按照以下方式处理:1、用协商的方式自行解决,这是最好的方式;2、用调解的方式,由有关部门帮助解决;3、用仲裁的方式由仲裁机关解决;4、用诉讼的方式。向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的,依照其规定。但是,自权利受到损害之日起超过二十年的,人民法院不予保护,有特殊情况的,人民法院可以根据权利人的申请决定延长。