实际出资能否成为股东身份认定依据

不能。
1、合股合意问题。入股协议是以成立经营实体或以变更、扩大现有经营实体规模为目的，在出资人之间订立的确定彼此之间权利义务关系的契约。
2、原告出资的性质。有限责任公司成立后，应当向股东签发出资证明书。但出资证明书只是一种权利证明，其功能在于表彰股东出资，本身不具有设权效力，因此，出资证明书不是认定股东资格的必备要件。
3、被告能否以其外观记载对抗原告主张。有限责任公司作为民商事活动的主体，主要涉及与外部相对人之间的交易关系;同时，有限责任公司作为人合组织体，则主要涉及公司内部机构、成员之间的权利义务配置关系及组织管理关系，这是两种不同性质的法律关系。相对人与公司交易，通常是通过公司的外观特征来了解和判断公司的资信状况，相对人不承担与公司外部表征不符的交易成本与风险。同理，公司也不能以其外部记载来对抗公司内部存在的股东身份争议。综合上面的介绍，公司股东享有一定权利，也了承担相应义务。