转让经营中的公司的债务怎么办

在公司转让时，如果受让方在公司转让的时候已经买断了原公司所有的资产和债务，那么所有的债务应该由受让方全部承担。如果受让方在公司转让时，买断了原企业的全部资产，却发现转让方对于原公司的债务问题有所隐瞒或者债务数目不清，则所有的债务应该由转让方和受让方协议之后共同承担。
总而言之，双方在签订公司转让协议书时应该协商好这些问题，谨慎处理。在公平公正的原则下，进行公司的转让，受让方在签订公司转让协议之前，为防止转让方虚报或隐瞒公司的债务问题，受让方可以请专业的会计师对该公司的资产，债务等方面进行清算。