1、专利公开制度方面相关的困难。按照专利法的要求,一项发明获得了专利的保护之后,就必须把发明的内容公之于众,以便让他人所了解从而避免重复。但是软件一旦把内容公开了之后,就能够使他人开发出相似的软件,从而令软件的专利人的利益大打折扣导致投资难以收回。
2、专利审查方面的困难。由于软件的产业的发展的速度惊人,使得软件审查的新颖性、创造性、实用性的标准难以确定、软件数量之多、发展之快、程序复杂和耗时长的专利的审查程序的格格不入。
3、保护效果方面的困难。专利是一种排他性的垄断权,主要是通过防止他人的非法利用来发明专利而令专利权人获得利益,但是在软件额场合它的使用结果并能够直接的反映在企业制造或者是销售的商品上。这样他人就可以私下的实施所公布软件的内容了。
4、专利费用和保护期限方面的困难。在各国额法律中专利的申请费用都是很高的,获得专利之后又要每年的交纳维持费用。同时申请专利的过程也是很长的,需要经过严格的审查的,一般是需要3年左右。而专利保护期的各国都规定20年。但是计算机是一种高速发展的技术,软件的更新是十分迅速的,有人就会估计它的平均寿命为8-12个月。