1、被扣掉了工程款，可以先找对方协商。2、协商不成可以书写起诉状或仲裁申请书、准备好施工合同等证据向仲裁机构申请仲裁或者向人民法院提起民事诉讼，主张要求支付被扣掉的工程款。3、起诉的同时最好申请财产保全，查封账户和其他财产；胜诉之后，如果对方在履行期未履行法院判决，可以申请法院强制执行。
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