公司转让中的债权债务纠纷,一般按转让协议进行处理。一般情况下,转让协议只在出让人和受让人之间有效。负有债务的公司转让需要通知债务人,已经通知公司债务人的,对公司债务人有效。公司转让经公司债权人同意的,对公司债权人有效。未经债权人同意的,转让协议对债权人不发生效力。