合作协议合伙协议的区别是协议涉及的内容不同。
1、合作协议是协议双方共同完成一个项目而临时组成的一个合作体，只针对某一个或多个项目，在项目完成后就自然解散;
2、合伙协议是协议双方共同投资而组成的一个实体，比如组成一个公司等，如果一方购买了另一方的股份或投资或其它的权益，该合伙协议也就没有了。
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