1.适用范围不同.预算会计适用于各级政府财政部门、各级行政单位和各类事业单位,适用对象具有明显的非营利性,所以又称为非营利性组织会计.企业以盈利为目标,企业会计又称为营利性组织会计.
2.会计核算的基础不同.预算会计中,财政总预算会计和行政单位会计以收付实现制作为记账基础;事业单位会计根据单位实际情况采用不同的记账基础,不进行经营活动的事业单位会计以收付实现制作为记账基础;进行经营活动的事业单位会计对非营利活动会计以收付实现制作为记账基础,对营利活动以权责发生制作为记账基础.企业会计必须采用权责发生制作为记账基础.