已认证已抵扣发票对方作废怎样处理

在未收回专用发票抵扣联及发票联，或虽已收回专用发票抵扣联及发票联但购货方已将专用发票抵扣联报送税务机关认证的情况下，销货方一律不得作废已开具的专用发票。因此，对于公司作为销售方来说，作废该发票是违反相关规定的。所在公司应该通知对方财务将已认证的进项发票在认证期做进项税额转出，同时报告对方税收管理员作出适当处理。