延期竣工的诉讼时效计算方式如下:诉讼时效的起算点应从工程实际竣工之日开始,也就是从这个时候权利人才知道自己的权利受到损害。具体的向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。
根据规定,向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的,依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的,依照其规定。但是,自权利受到损害之日起超过二十年的,人民法院不予保护,有特殊情况的,人民法院可以根据权利人的申请决定延长。