与《行政许可法》规定的撤销登记不同,依据《公司法》、《个体工商户条例》等实体法作出的撤销登记行为,在程序操作上较为完备。但在实践中,同一个工商机关依据《行政许可法》作出撤销登记的案例较多,依据《公司法》、《个体工商户条例》等作出的撤销登记很少。解决这一问题,必须区分撤销登记的不同情形,办案机构要加强与登记机关的协调沟通,将作出撤销登记的处罚决定书交由登记机关装入登记档案。此外,还应重视责令改正在行政处罚程序中的运用。
对于按许可程序作出撤销登记的后续处理问题,《企业登记程序规定》第十八条和第十九条规定,组织清算并办理注销手续。按行政处罚程序撤销登记的后续处理问题,《公司法》、《个体工商户条例》等并未作出明确规定。