一般是根据以下两点:
1、公司是否存在税务问题
小规模公司注销,如果公司存在税务问题,那么收费也是会比较高的,毕竟公司注销代办机构需要帮助公司尽量先解决税务问题,再进行注销,避免被税务局等机关罚款,这个工作是很繁琐的也很麻烦的,所以一般收费就比较高,在这点看来,小规模公司注销与一般纳税人公司是没有任何区别的;
2、公司是否需要补账
小规模公司注销,一般税务局是不用查账的,因为小规模公司不涉及增值税,一般只有涉及增值税的公司才会进行查账工作,所以小规模公司一般情况下不会涉及需要补账、重新建账等情况;当然,如果小规模公司注销,但也存在着需要补账或建账工作的话,那么收费也会比一般纳税人公司低一些,毕竟工作量来说小规模公司注销要少一些,所以费用就会低一些。