1、销售额标准不同：
根据《营业税改征增值税试点实施办法》规定，纳税人分为一般纳税人和小规模纳税人。应税行为的年应征增值税销售额（以下称应税销售额）超过财政部和国家税务总局规定标准（年应税销售额标准为500万元）的纳税人为一般纳税人，未超过规定标准的纳税人为小规模纳税人。注意：以上“年应征增值税销售额500万元”是指连续、循环的12个月，并不是纳税年度。
2、增值税税率不同：
小规模纳税人除出租、出售不动产征收率5%以外，其他都是3%；一般纳税人增值税分6%、9%、10%、13%几档税率。此外，部分出口货物、境内单位和个人跨境销售服务与无形资产可以享受零税率，跨境销售符合免税条件的可以享受免税。
3、增值税计算方式不同：
小规模纳税人应交增值税=含税价÷（1+征收率）×征收率；一般纳税人应交增值税=销项税-进项税。
4、抵扣进项不同：
小规模纳税人不能抵扣进项税，一般纳税人执行一般计税法的可以抵扣进项税。
5、记账报税要求不同：
当前，我国对于小规模纳税人记账报税管理相对宽松，但对于一般纳税人来说，则要求相对较高。因此，代理记账的费用也会不同，一般纳税人的费用相对较高。
6、申报周期不同：
小规模纳税人可自行选择以月度或季度为纳税周期来申报纳税，一般都会选择季度申报；而一般纳税人通常是以月度为单位来进行纳税申报。
7、产业上下游的要求不同：
如果购买方为一般纳税人，购买方一般会希望供应商也是一般纳税人，因为这样购买方才能获取税率较高的增值税专用发票，才能多抵扣进项税。目前，天猫平台的入驻前提条件之一就是必须是一般纳税人。
8、税收优惠政策不同：
对季度销售额30万元以下（含本数）的增值税小规模纳税人，免征增值税。对增值税小规模纳税人在50%的税额幅度内减征资源税、城市维护建设税、房产税、城镇土地使用税、印花税（不含证券交易印花税）、耕地占用税和教育费附加、地方教育附加。一般纳税人则无法享受以上优惠政策。我国部分地区还存在针对小规模纳税人的免税和返税。
9、转换条件不同:
小规模纳税人满足一般纳税人条件的，可以向主管税务机关申请转为一般纳税人；2024年12月31日前，一般纳税人可选择转登记为小规模纳税人，如果转登记后，连续12个月或者4个季度的应税销售额超过500万元的，则应再次登记为一般纳税人且不得再转登记为小规模纳税人。
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