总公司及分公司独立经营纠纷怎么处理

可以，但是不需要，如果跟子公司发生经济纠纷，一般不一同起诉母公司。子公司具有独立的法人资格，依法独立承担责任。

依据法律规定，企业法人的分支机构，通常是我们所说的分公司，如银行的分行，支行等即是。分支机构能不能作为诉讼当事人视不同情况而定:

如果该分支机构是依法设立的，而且领取了营业执照，那么它可以单独作为当事人，也可以与它的具有法人资格的总公司共同作为诉讼当事人；如果该分支机构没有依法设立，或是未领取营业执照，那么应当以其总公司为诉讼当事人。但需注意，如果是中国人民银行，各商业银行，如工商银行，农业银行，建设银行等等的分行，支行，或是保险公司的分公司，则只能以该分支机构作为诉讼当事人。