员工违反保密协议的，处理的方式如下：
(1)、员工违反保护协议的，员工要承担民事责任，依据保密协议赔偿违约金;
(2)、违反保密协议侵犯单位商业秘密的，给用人单位造成损失的，要承担赔偿的责任;
(3)、违反保密协议，侵犯公司商业秘密，情节严重的，可能构成侵犯商业秘密罪，要承担刑事责任。
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