单位按员工手册处罚合法吗

不合法。单位不准对员工罚款扣钱。用人单位虽对劳动者有管理权，可对劳动者的上下班时间做出相应的规定，并对迟到、早退等行为进行约束，但用人单位不得以此为由对劳动者进行罚款用人单位的规章制度规定了罚款内容,或者其扣减工资的规定没有法律、法规依据的,由人力资源社会保障行政部门责令改正,给予警告。