最好不要注销。在公司涉及的债权债务关系还在法院诉讼期间,若公司进行注销登记,则无法保证对该案所涉及的债权债务关系进行合理的清算和处理。债权人无法及时依法参与到债权分配中,直接导致债权人的权益难以实现。此外,由于诉讼期间公司被注销登记导致其丧失独立法人资格,即无法作为合法的诉讼主体参与到诉讼中,因此将面临诉讼主体变更问题。