在股权转让协议纠纷中,如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的,应适用其约定;没有约定或约定不明,应适用法律规定,即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
对于被告所在地,人们一般不会有歧义。而对于股权转让的合同履行地,应为股权转让的目标公司的公司注册地。