股权转让受让人在向转让人(原自然人股东)支付股权转让款项时有扣缴其个人所得税的义务。
财产转让所得应纳个人所得税。《中华人民共和国个人所得税法实施条例》(以下简称实施条例)第八条第九项规定，股权转让所得属于财产转让所得项目。
财产转让所得按照一次转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，作为应纳税所得额。
就股权转让所得而言，其应纳税所得额=股权转让价-股权计税成本-与股权转让相关的印花税等税费。
自然人股东股权转让价是自然人股东就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额，以其实际成交价为股权转让价。股权转让对价为实物的，应当按照取得凭证上所注明的价格计算,但凭证上所注明的价格明显偏低或者无凭证的，由主管地方税务机关参照当地的市场价格核定。
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