公司不同意回购股份可以提起诉讼。在与员工签订股权激励协议时，企业需要明确员工离职时可以回购员工的股份和约定的回购价格。公司不得收购公司股份，但有下列情形之一的除外：
1、减少公司注册资本；
2、与持有公司股份的其他公司合并；
3、奖励公司员工股份；
4、股东因对股东大会作出的公司合并分立决议持异议，要求公司收购股份的。
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